Pohon jenis konifera memiliki dua jenis kerucut: kerucut serbuk sari dan kerucut biji. Beberapa tumbuhan runjung memiliki kedua jenis kerucut pada pohon yang sama, memungkinkan pohon untuk menyerbuki dirinya sendiri. Penyerbukan silang terjadi ketika satu pohon hanya menghasilkan kerucut benih dan oleh karena itu harus dibuahi oleh serbuk sari yang melayang ke kerucut benih dari kerucut serbuk sari yang terletak di pohon terdekat lainnya.
Kerucut serbuk sari secara khas lebih kecil dan lebih lebar dari kerucut biji. Kerucut serbuk sari cenderung ke mana dan mati setelah serbuk sari di dalam kerucut telah dilepaskan untuk membuahi kerucut benih. Dalam fase dorman, kuncup konifer mungkin jantan, betina atau vegetatif. Membedakan di antara jenis tunas pada tahap ini hanya mungkin dilakukan dengan pembedahan. Salah satu petunjuk yang dapat membantu identifikasi kerucut serbuk sari adalah lokasinya. Kerucut benih cenderung berkembang lebih tinggi di pohon untuk membantu penyebaran setelah benih diserbuki.
Kerucut biji biasanya digunakan untuk mengidentifikasi jenis pohon karena mereka tetap berada di atau di bawah pohon untuk jangka waktu yang lebih lama. Tunas kerucut biji yang ramping membengkak selama empat sampai enam minggu sampai sisik ovuliferous berujung merah atau hijau mulai muncul. Sisik cenderung melipat tegak dari dasar kerucut dan kemudian terkulai ke bawah setelah menerima serbuk sari dari kerucut serbuk sari untuk memulai pengembangan benih dan kematangan kerucut sinyal.
Beberapa tumbuhan runjung tidak memiliki serbuk sari atau kerucut biji. Sebaliknya, pohon itu menghasilkan buah yang menutupi sebagian bijinya. Yew Kanada adalah contoh konifer penghasil aril yang mengandung penutup berdaging untuk menampung biji pohon. Untuk mencegah kehilangan benih yang berlebihan karena predator hewan dan burung yang mungkin ingin memakannya buah yew, pohon ini telah menyesuaikan diri sehingga buahnya beracun dan bijinya tertinggal tak terganggu.
Konifer yang mengandung kerucut, atau pinophyta, diklasifikasikan sebagai gymnospermae (berbiji telanjang) karena ovula dan bijinya tidak tertutup di dalam ovarium atau ditemukan di dalam penutup buah pelindung. Jika konifer memiliki serbuk sari dan kerucut biji di pohon yang sama, itu diklasifikasikan lebih lanjut sebagai sporofit diploid. Setelah benih terbentuk setelah penyerbukan terjadi, sisik kerucut terbuka untuk melepaskan benih untuk disebarkan oleh air, angin dan pergerakan manusia dan hewan.
