Mikroskop elektron transmisi (TEM) dan mikroskop elektron pemindaian (SEM) adalah metode mikroskopis untuk melihat spesimen yang sangat kecil. TEM dan SEM dapat dibandingkan dalam metode preparasi spesimen dan aplikasi dari masing-masing teknologi.
Kedua jenis mikroskop elektron membombardir spesimen dengan elektron. TEM cocok untuk mempelajari bagian dalam objek. Pewarnaan memberikan kontras dan pemotongan memberikan spesimen ultra tipis untuk pemeriksaan. TEM sangat cocok untuk pemeriksaan virus, sel dan jaringan.
Spesimen yang diperiksa dengan SEM memerlukan lapisan konduktif seperti emas-paladium, karbon atau platinum untuk mengumpulkan kelebihan elektron yang akan mengaburkan gambar. SEM sangat cocok untuk melihat permukaan objek seperti agregat makromolekul dan jaringan.
Pistol elektron menghasilkan aliran elektron yang difokuskan oleh lensa kondensor. Sinar terkondensasi dan elektron yang ditransmisikan difokuskan oleh lensa objektif ke dalam gambar pada layar gambar fosfor. Area gambar yang lebih gelap menunjukkan bahwa lebih sedikit elektron yang ditransmisikan dan area tersebut lebih tebal.
Seperti TEM, berkas elektron diproduksi dan dipadatkan oleh lensa. Ini adalah lensa kursus pada SEM. Lensa kedua membentuk elektron menjadi sinar yang rapat dan tipis. Satu set kumparan memindai sinar dengan cara yang mirip dengan televisi. Lensa ketiga mengarahkan sinar ke bagian spesimen yang diinginkan. Balok dapat berdiam pada titik tertentu. Sinar dapat memindai seluruh spesimen 30 kali per detik.