Bahkan para ilmuwan tidak 100 persen yakin persis bagaimana geode amethyst terbentuk--atau bagaimana geodes terbentuk. Belum banyak penelitian, karena geode hanyalah anomali ilmiah yang menyenangkan dengan sedikit, jika ada, manfaat ilmiah. Itu adalah bebatuan yang tampak polos di luar tetapi ketika dibuka mengungkapkan rongga di tengahnya yang berisi kristal-kristal indah. Konsensus ilmiah umum adalah bahwa geode amethyst dibuat dalam proses dua langkah. Pertama, ada pembentukan rongga dan kemudian pembentukan kristal.
Geode amethyst adalah batuan berongga dengan kristal amethyst yang melapisi dinding bagian dalam, jadi rongga harus dibentuk terlebih dahulu. Ini bisa terjadi di mana saja ada atau ada lava yang dekat dengan permukaan bumi. Akibatnya, geode amethyst dapat ditemukan di ribuan tempat di seluruh dunia. Langkah pertama dalam proses alami yang menciptakan geodes amethyst adalah pembentukan rongga gas di lava. Rongga gas dapat terbentuk dari gelembung (seperti karbonasi yang menyebabkan gelembung pada soda Anda). Beberapa ilmuwan berteori bahwa rongga juga dapat terbentuk saat aliran lava yang mendingin di dekat akar pohon atau benda lain yang mencuat dari tanah. Lava yang mendingin mengeras sepenuhnya sebelum mengisi di sekitar singkapan, menciptakan rongga.
Rongga kemudian diisi dengan cairan kaya silika yang mengandung sejumlah kecil zat besi. Seiring waktu, cairan ini membentuk kristal - piramida enam sisi (rhombohedrons) dari batu kecubung. Kristal dengan warna yang berkisar dari ungu muda hingga ungu tua terbentuk ketika ada jejak besi dalam cairan, menghasilkan geode kecubung.