Lingkungan air tawar dan laut menandai jeda utama dalam ekosistem perairan; lingkungan laut mengandung tingkat salinitas (konsentrasi garam) yang tinggi, sedangkan daerah air tawar biasanya mengandung kurang dari 1 persen. Ekosistem air tawar meliputi kolam dan danau serta sungai dan sungai. Ekosistem laut meliputi lautan dan terumbu karang.
Kolam dan Danau
Kolam dan danau adalah badan air yang relatif tenang dengan sedikit atau tanpa arus, umumnya terisolasi dari badan air lain seperti sungai dan lautan. Mereka dibagi menjadi tiga zona yang berbeda: litoral, limnetik dan profundal. Zona litoral merupakan zona yang paling dekat dengan pantai. Dengan paparan sinar matahari yang tinggi dan perairan dangkal, ini biasanya merupakan area yang paling beragam secara biologis di danau atau kolam tertentu, perumahan beberapa spesies amfibi, burung air, krustasea, serangga, ikan dan ganggang serta mengambang dan berakar tanaman. Zona limnetik meliputi wilayah danau/kolam yang letaknya lebih jauh dari pantai namun paling dekat dengan permukaan air. Daerah ini kurang beragam dibandingkan zona litoral, tetapi lebih dari zona profundal karena tingkat paparan sinar matahari yang tinggi. Zona profundal terdiri dari area terdalam dari kolam atau danau. Kehidupan profundal hampir secara eksklusif didominasi oleh bakteri pengurai dan plankton.
Sungai dan Aliran
Sungai dan sungai adalah badan air yang bergerak yang mengalir dari sumber, seperti mata air atau pencairan gletser, ke mulut, yang bisa di lautan, aliran atau sungai yang lebih besar atau jenis lainnya waduk. Saat air mengalir dari sumber ke mulut, lingkungan ekosistem berubah secara drastis. Sumber aliran atau sungai memiliki tingkat kemurnian dan kandungan oksigen tertinggi. Sepanjang jalurnya, air yang deras mengumpulkan puing-puing di arusnya; pada saat air mencapai mulut, air menjadi keruh. Akibatnya, sedikit sinar matahari yang menembus permukaan dan kehidupan tanaman menjadi langka. Spesies ikan seperti lele tumbuh subur di daerah tersebut, mampu bertahan hidup dalam kondisi oksigen yang rendah.
Lautan
Lautan adalah beberapa ekosistem yang paling beragam dan secara geografis luas di bumi. Ekosistem laut dibagi menjadi empat zona: intertidal, pelagis, bentik dan abyssal. Zona intertidal terdiri dari daerah di mana air laut bertemu dengan daratan. Zona ini sangat dinamis karena aksi pasang surut yang konstan. Sebagai aturan umum, keanekaragaman spesies lebih tinggi di zona intertidal yang paling sering terendam air. Mirip dengan zona limnetik di danau, zona pelagis terdiri dari laut terbuka jauh dari pantai namun lebih dekat ke permukaan air. Berbagai ikan, tanaman air dan mamalia yang lebih besar menghuni wilayah ini. Zona bentik dan abyssal masing-masing terdiri dari wilayah terdalam dan terdalam kedua di lautan. Karena tekanan ekstrim, kegelapan dan suhu dingin, zona ini memiliki bentuk kehidupan yang sangat berbeda. Untuk bertahan hidup kekurangan sinar matahari, tanaman dan bakteri di zona abyssal memanen energi kimia dari ventilasi termal di bawah permukaan dasar laut.
Terumbu karang
Ekosistem terumbu karang terletak di laut; tetapi karena komposisi fisik dan biologisnya, mereka sangat berbeda dari ekosistem laut lainnya. Terumbu karang terbentuk di perairan dangkal dengan suhu hangat. Banyak dari ekosistem ini telah terbentuk di sepanjang pantai benua. Meskipun terlihat seperti batu besar, terumbu karang sebenarnya terdiri dari koloni hewan hidup yang menempel pada cangkang kalsium karbonat yang keras. Koloni ini memiliki hubungan simbiosis dengan zooxanthellae, sejenis alga yang hidup di dalamnya dan menyediakan makanan bagi karang. Meskipun mencakup area yang relatif kecil, terumbu karang adalah beberapa ekosistem yang paling beragam secara biologis di bumi. Berbagai macam spons, krustasea, anemon laut, ikan, ganggang, tanaman air, dan serangga hidup secara eksklusif di ekosistem terumbu karang.