Ekosistem hutan hujan menyediakan rumah bagi beberapa komunitas hewan paling padat dan beragam di Bumi. Namun, hutan hujan terus-menerus dieksploitasi karena sumber dayanya yang kaya. Praktik manusia seperti penambangan dan penggundulan hutan memiliki efek serius pada habitat ini, menyebabkan spesies hewan yang tak terhitung jumlahnya kehilangan rumah mereka pada tingkat yang mengkhawatirkan.
Burung-burung
Beberapa spesies burung toucan, burung beo dan burung tropis lainnya di hutan hujan Amerika Selatan dan Tengah terancam punah karena penebangan dan penyebab deforestasi lainnya. Elang harpy, salah satu spesies elang terbesar yang diketahui di seluruh dunia, tumbuh subur di dataran rendah hutan hujan tropis dari Meksiko selatan hingga Bolivia timur; Habitat burung ini terus menyusut akibat praktik penebangan habis-habisan serta perusakan tempat bersarang dari praktik industri seperti pertambangan dan pengeboran minyak. Hilangnya habitat juga mengancam ribuan spesies burung yang bermigrasi. Spesies ini melakukan perjalanan ke utara selama musim panas Amerika Utara dan kembali ke daerah tropis selama musim dingin; semakin banyak yang kembali setiap tahun untuk tidak menemukan rumah dan/atau lokasi bersarang yang hancur.
Mamalia
Berbagai macam spesies mamalia kehilangan rumah mereka di hutan hujan, dari hewan pengerat terkecil hingga pemangsa terbesar. Banyak mamalia yang lebih besar membutuhkan banyak ruang untuk mencari makan dan/atau berburu. Seiring kemajuan praktik industri di daerah tertentu, mamalia hutan hujan seperti gorila, jaguar, dan puma harus membatasi diri pada habitat yang terfragmentasi dengan sumber daya yang tidak mencukupi. Penggundulan hutan mempengaruhi mamalia arboreal paling langsung (mereka yang hidup di pepohonan), seperti tupai terbang dan kelelawar buah, serta beberapa spesies monyet. Seluruh komunitas menjadi tunawisma, memaksa mereka untuk beradaptasi dengan lingkungan tanpa pohon di mana mereka tidak siap.
Reptil dan Amfibi
Deforestasi menjadi penyebab utama hilangnya habitat bagi sebagian besar reptil hutan hujan, sementara banyak spesies amfibi juga kehilangan rumah karena pengeboran minyak dan praktik penambangan yang mencemari kolam, sungai, dan aliran sungai, memaksa mereka untuk mencari sumber air baru untuk gaya hidup semiakuatik mereka. Spesies reptil dan amfibi yang terancam dan terancam punah termasuk katak emas, tokek dan iguana Madagaskar, serta beberapa spesies katak panah beracun, terutama yang berasal dari Kolombia.