Dikenal karena keanekaragaman hayatinya, Malaysia adalah rumah bagi 15.000 tanaman berbunga. Namun, flora dan fauna negara berada di bawah ancaman parah dan telah mengalami penurunan 70 persen dari pertumbuhan aslinya. Menurut Daftar Merah Persatuan Internasional untuk Konservasi Alam (IUCN), Malaysia memiliki 686 spesies tanaman yang terancam punah pada tahun 2007. Hukum Malaysia melindungi burung, mamalia, dan serangga. Flora dan fauna hanya dilindungi jika tumbuh di dalam taman nasional atau cagar alam.
Jenis hutan utama di Malaysia adalah Giam Kanching atau hutan dipterokarpa langka, hutan bakau, hutan rawa gambut, dan hutan pegunungan, menurut Worldwide Wildlife Fund. Pohon dipterokarpa yang dikenal buahnya berbiji bersayap dua ini tumbuh di lahan yang berada tepat di atas permukaan laut hingga ketinggian kurang lebih 900 meter. Hutan dipterokarpa dataran rendah, yang ditemukan hingga 300 meter di atas permukaan laut, telah rusak karena pertanian dan kegiatan padat lahan lainnya. Sementara kantong pohon dipterokarpa dilindungi di Cagar Hutan Kanching, spesies ini dianggap sangat terancam punah—di ambang kepunahan—dalam Daftar Merah.
Tumbuhan tropis karnivora ini hanya tumbuh di hutan berlumut pada ketinggian 2.000 hingga 2.600 meter di Gunung Trus Madi di Kalimantan. Nepenthes macrophylla memiliki daun berbentuk kantong yang menjuntai dari tanaman merambat sepanjang sepuluh meter. Serangga meluncur dari bagian atas bunga yang berlilin ke dalam kolam asam yang disekresikan oleh kelenjar di bagian bawah bunga, menurut ASEAN Review of Biodiversity & Environmental Conservation. Daftar Merah IUCN telah mengkategorikan Nepenthes macrophylla sebagai sangat terancam punah.
Dianggap sangat terancam punah dalam Daftar Merah, Taxitheliella richardsii adalah lumut dalam keluarga Sematophyllaceae dan asli Malaysia. Satu-satunya daerah yang diketahui (kurang dari 10 km²) di mana lumut ditemukan adalah di Sarawak, sebuah negara bagian Malaysia di barat laut Kalimantan. Taxitheliella richardsii tumbuh pada tanaman merambat berkayu dan batang kayu busuk di hutan subtropis, habitat yang menghilang karena penebangan dan penebangan kayu.