Kamboja memiliki tingkat deforestasi tertinggi ketiga di dunia, didorong oleh panen kayu serta tebang habis untuk pertanian. Deforestasi menghancurkan habitat dan mengganggu keseimbangan tanah tropis yang rapuh. Tanpa pohon menahan tanah di tempatnya dan mengisi kembali bahan organik dengan serasah daun, tanah terkikis dengan cepat dan kehilangan banyak kesuburannya dalam beberapa tahun pertama penanaman.
Ekosistem pesisir Kamboja, banyak di antaranya adalah hutan bakau yang menyediakan tempat pemijahan penting bagi ikan dan perlindungan dari banjir, terancam oleh beberapa faktor. Ekosistem pesisir tercekik oleh sedimen yang tersapu lepas dari daerah pedalaman yang baru saja terdeforestasi. Perairan ini juga membawa pestisida dan pupuk berbahaya. Tambak udang yang diatur dengan buruk menyebabkan hutan bakau ditebang dan melepaskan kelebihan nutrisi ke dalam air, yang mengakibatkan pertumbuhan alga yang berlebihan dan gangguan ekosistem.
Seiring industri Kamboja, orang berduyun-duyun ke daerah perkotaan, yang tumbuh terlalu cepat untuk infrastruktur sanitasi untuk mengikutinya. Banyak daerah tidak memiliki sistem saluran pembuangan, atau tidak berfungsi dengan baik. Limbah dan limbah industri mencemari air tanah dan air permukaan di banyak daerah perkotaan. Limbah padat berbahaya sering menemukan jalannya ke tempat pembuangan sampah terbuka yang dapat merembes ke air tanah atau tertiup angin.