A prokarióta és az eukarióta sejtek között sok különbség van. E különbségek némelyike strukturális, míg mások eljárási jellegű. A prokarióták és az eukarióták között lényegesen különbözõ folyamatok közül kettõ a génexpresszió és annak szabályozása. Mindkét sejttípus átírja a DNS-t mRNS-be, amelyet aztán polipeptidekké alakítanak át, de ezeknek a folyamatoknak a sajátosságai eltérnek.
Elhelyezkedés
A prokariótákból hiányoznak a magok és más organellák, amelyek speciális, membránhoz kötött rekeszek, míg az eukariótákban vannak. Valójában az "eukarióta" szó "igazi magot" jelent. Az eukariótákban a sejt genomja a magban helyezkedik el. A transzkripció tehát a magban történik, és az mRNS-transzkriptumot ezt követően a nukleáris pórusokon (a mag burkolatában lévő pórusok) keresztül exportálják a citoplazmába transzláció céljából. Ezzel szemben a prokarióta transzkripció és transzláció nincs térben vagy időben szegregálva.
Az átírás megindítása
A promóter elemek a DNS rövid szekvenciái, amelyek kötődnek a sejt transzkripciós iniciációs faktoraihoz. A prokariótáknak három promotereleme van: az egyik az átírandó géntől felfelé, egy a nukleotidtól 10 nukleotidot lefelé és egy 35 nukleotid a lefelé irányban. Az eukariótáknál sokkal nagyobb a promoter elemek halmaza, az elsődleges a TATA doboz. Az eukarióta transzkripciós iniciációs faktorok egy iniciációs komplexet állítanak össze, amely az iniciáció végén disszociál. A prokarióta transzkripciós iniciációs faktorok nem alkotnak iniciációs komplexet.
Riboszómák
A riboszómák RNS-ből és fehérjéből álló transzlációs helyek, amelyek kötődnek a sejt mRNS-jéhez és tRNS-jéhez. A prokariótákban 70S riboszómák vannak, míg az eukariótákban 80S riboszómák vannak. Az "S" az ülepedési együtthatóra utal, amely a részecske méretének, tömegének és alakjának mértéke. A 80S riboszóma egy 40S alegységből és egy 60S alegységből áll, míg a 70S riboszóma egy 30S alegységből és egy 50S alegységből áll.
Polikistronikus mRNS
A különböző transzkripciós és transzlációs mechanizmusok mellett a prokarióták és az eukarióták génszabályozásukban különböznek egymástól. Az eukarióta szabályozás sokkal összetettebb, és gyakran különféle visszacsatolási mechanizmusokra, fejlődési folyamatokra és környezeti tényezőkre támaszkodik. Ezzel szemben a prokarióták a teljes anyagcsere útvonalakat szabályozzák, nem pedig az egyes enzimeket külön-külön. Egy adott útvonal bakteriális enzimjei szomszédosak a sejt DNS-ével, és átíródnak egy mRNS-be. Ezt az mRNS-t policistronikus mRNS-nek nevezik. Amikor egy sejtnek többé-kevésbé szüksége van egy út enzimjeire, egyszerűen többé-kevésbé átírja az út mRNS-ét.