A Western blot, egy analitikai technika, amelyet az adott mintában lévő specifikus fehérje meghatározására használnak, egy enzim vagy fluoreszcenciával jelölt elsődleges antitest képességét alkalmazza specifikus antigénjéhez kötődni. Ez egy háromlépcsős folyamat, amely gélelektroforézissel kezdődik, majd membránblottolás és antitestekkel történő tesztelés következik. A fehérje detektálása lehet közvetlen vagy közvetett, az utóbbi az elsődleges ellen irányított jelölt másodlagos antitestet használ. Habár rutinszerű fehérje-analízis technikaként fogadják el, a Western blotnak vannak korlátai és előnyei is.
Előny: Érzékenység
Az egyik legnagyobb érv a western blot mellett az érzékenysége. Mivel a technika csak 0,1 nanogramm fehérjét képes kimutatni egy mintában, elméletileg ez a módszer is szolgálhat hatékony korai diagnosztikai eszköz, amely a vírus vagy baktérium legkisebb immunogén válaszát is érzékeli a betegben minta. A közvetett western blot tovább építi ezt az érzékenységet abból a szempontból, hogy a szekunder antitest képes felerősíteni a képalkotó rendszer által észlelt jel intenzitását. A nagyobb érzékenység azt jelenti, hogy kevesebb antitestre van szükség a vizsgálatokhoz, ami jelentősen csökkenti a laboratóriumi költségeket.
Előny: Specifitás
A Western blot technika sajátosságait két nagy tényezőnek köszönheti. Először is, a gélelektroforézis különféle méretű, töltésű és konformációjú fehérjékbe rendezi a mintát. Ez a folyamat önmagában óriási lépés a detektálás felé, mivel a gélben képződött sávok máris utalnak a kérdéses fehérje vagy polipeptid méretére. Az antitest-antigén kölcsönhatás specifitása szolgál a második nagy tényezőként. Mivel a specifikus antitestek affinitást mutatnak specifikus fehérjék iránt, a folyamat szelektíven képes detektálni a célfehérjét még 300 000 különböző fehérje keverékében is.
Hátrány: Hamis vagy szubjektív eredményekre hajlamos
Érzékenysége és specifitása ellenére a western blot még mindig hibás eredményeket hozhat. Hamis pozitív eredmény, ha egy antitest reagál egy nem szándékolt fehérjével, ami gyakran akkor fordul elő, amikor a HIV-vizsgálatot végző beteg tuberkulózisban vagy számos parazita betegségben szenved fertőzések. Hamis negatív viszont könnyen eredményezhetõ, ha a nagyobb fehérjék nem kapnak elegendõ idõt a membránhoz való megfelelõ átvitelhez. A nem megfelelő blotolás és feldolgozás gyakran torz, elhalványult vagy akár több sávot eredményez, így a vizsgálati eredmények a szakember értelmezéséhez kötöttek.
Hátrány: Magas költség és technikai igény
A western blot költsége a jelölt antitestek, a képzett elemzők és a laboratóriumi felszerelések nagy egyedi kiadásainak összessége. Finom folyamat, a Western-blot minden lépésben pontosságot igényel a minta alkotóelemeinek megfelelő azonosításához. A reagens koncentrációjában vagy az inkubációs periódusban bekövetkező kisebb hiba katasztrofális lehet az egész folyamatra nézve. Végül a detektáláshoz és képalkotáshoz szükséges berendezések - kemilumineszcens, fluoreszcens, radioaktív vagy lézeres detektáló rendszerek - túl drágák lehetnek az átlagos mikrobiológiai egység számára.