A Western blot az egyik leggyakoribb eljárás a biokémiai laboratóriumokban. Alapvetően méret szerint választja el a fehérjéket a mintától, majd antitestek segítségével teszteli, hogy az adott fehérje jelen van-e. Ez nemcsak a kutatásban, hanem orvosi vagy diagnosztikai laboratóriumokban is hasznos; A HIV és a Lyme-kór tesztjei például egy enzimhez kapcsolt immunszorbens tesztet (ELISA) tartalmaznak, amelyet Western blot követ, ha az ELISA teszt pozitív. Népszerűsége ellenére azonban a Western blotnak számos hátránya van.
Nem mennyiségi
A klasszikus Western-blotok nem kvantitatívak. Más szavakkal, bár meg tudják mondani a kutatóknak, hogy van-e egy adott fehérje, nem teszik lehetővé annak számszerűsítését, hogy a fehérje mennyi van jelen. Néhány biotechnológiai vállalat ma olyan készleteket értékesít, amelyek lehetővé teszik a kutatók vagy laboratóriumi technikusok számára, hogy számszerűsítsék ezek mennyiségét fehérje jelen van egy standard görbe alapján - de ez csak akkor működik, ha ugyanazon fehérjéből tiszta minták vannak elérhető. Ezenkívül egy fehérje molekulatömege csak Western-blottolással becsülhető meg, nem pedig pontosan meghatározható, mint a tömegspektrometriával.
Antitestek
Western-blot csak akkor hajtható végre, ha rendelkezésre állnak elsődleges antitestek a kérdéses fehérje ellen. Míg a biotechnológiai vállalatok számos különböző fehérje ellen antitesteket kaphatnak, ezek nem olcsók; ha egy adott fehérjéhez nem állnak rendelkezésre primer antitestek, akkor nem lehet Western-blotot végezni az adott fehérje után. Ezenkívül a kutatók meg akarják állapítani, hogy egy fehérjét valamilyen módon módosítottak-e - ha foszforilálták ( foszfátcsoport kapcsolódik hozzá) - például a Western blot technikával a módosítottra specifikus antitestekre van szükségük fehérje.
Kiképzés
Kihívást jelenthet a Western blot megfelelő végrehajtása és jó eredmények elérése, ezért a személyzetnek jól képzettnek kell lennie. Ebben, mint sok minden másban, talán a tapasztalat a legjobb oktató; még egy tapasztalt technikus számára is időigényes a Western blot. Például a kísérlet gélelektroforézis részének futtatása általában egy-két órát vesz igénybe. A gél működése közben természetesen más feladatokat is el lehet végezni, de a kísérlet még mindig elég sok időt vesz igénybe az eredmények elérése érdekében.
Egyéb korlátozások
Az antitestek néha előfordulhatnak valamilyen célon kívüli kötéssel, ami gyengébb eredményeket hozhat. Sőt, a Western-blotolás során antitestet használ egy specifikus fehérje ellen, így az eredményei csak akkor fogják megmondani, hogy jelen volt-e ez a fehérje. A nagy felbontású tömegspektrometria ezzel szemben feltárja az összes fehérjét, amely a mintában található, és a klasszikus Western-blottól eltérően kvantitatív. Fontos persze megjegyezni, hogy a tömegspektrometria sokkal drágább és technikailag is nehezebb használni a Western blot-hoz képest.