A protiszták és a baktériumok az élet különböző területeihez, az eukariótákhoz és a prokariótákhoz tartoznak, amelyeket az evolúció hosszú eonjai napoznak. Mindazonáltal, mint a Föld minden életformáján, közös ősökkel rendelkeznek, és ezért számos érdekes hasonlóság mutatkozik. A protisták és a baktériumok hihetetlen sokfélesége ellenére néhány általánosítást tehet arról, hogy mi közös bennük.
Genetikai kód
Protisztákban, baktériumokban és minden más organizmusban a kémiai bázispárok bizonyos szekvenciái a DNS-ben bizonyos aminosavakat kódolnak. A kód majdnem univerzális abban az értelemben, hogy a DNS azonos szekvenciája ugyanazt az aminosav-szekvenciát kódolja mind egy protisztben, mind egy baktériumban. Kivételt képez ez az egyetemesség az a tény, hogy egyes baktériumok az UAG szekvenciát használják a pirrolizin kódolására, nem pedig egy stop kodont, így használják más organizmusokban. Ennek ellenére a kód többnyire figyelemre méltó hasonlóságot mutat a baktériumok és a protiszták között.
Riboszómák
Mind a baktériumok, mind a protiszták először átírják DNS-kódjuk szakaszait RNS-be, majd ezt az RNS-t fehérjévé alakítják át riboszómának nevezett komplex struktúrák segítségével. Ismét a protisták és a baktériumok osztják ezeket a hasonlóságokat az összes többi ismert életformával. A riboszóma szerkezete némileg eltér a baktériumok és az eukarióták között, mint a protiszták. Ez a különbség azért is fontos, mert egyes antibiotikumok a baktériumok és az eukarióta riboszómák közötti különbségek kihasználásával elpusztítják a baktériumokat.
Sejtmembránok
Mind a baktériumok, mind a protisták sejtmembránokat tartalmaznak, amelyeket foszfolipideknek neveznek. A baktériumok foszfolipidjeinek vagy protisztjainak egyik végén vízoldható csoport és vízben oldhatatlan farok található a másik oldalon, tehát a baktériumok és a protiszták sejtmembránjai kétrétegűek foszfolipidek. Mindkettő farka a kétréteg közepe felé mutat. A baktériumoknak azonban a sejtmembránjuk mellett van egy sejtfala, és egyes baktériumok mind belső, mind külső membránnal rendelkeznek.
Rendkívül konzervált folyamatok
A baktériumok és a protiszták meglepő hasonlóságot mutatnak a különböző biokémiai folyamatokban, amelyek szintén nagyon hasonlítanak minden más életformához. A baktériumok és a protiszták által a glükóz lebontására alkalmazott folyamatot glikolízisnek nevezik. Bár vannak eltérések, a glikolízis szinte minden ismert organizmusban végbemegy. Hasonlóképpen, a DNS-replikáció folyamata nagyon hasonló a baktériumok és a protiszták között, némi kisebb eltéréssel.