A klónozás forró etikai kérdés a tudományos közösségben, de a baktériumok állandóan klónozzák önmagukat. A bináris hasadásnak nevezett folyamat során az egyik baktérium megduplázza a méretét és a genetikai anyagát, majd feloszlik két azonos sejt előállításához.
Az eukarióta sejtosztódással vagy mitózissal összehasonlítva a bináris hasadás viszonylag egyszerű folyamat. Először is, a baktérium lemásolja DNS - genetikai anyagát, amely baktériumokban körkörös. A DNS megadja az azonos sejt létrehozásához szükséges összes információt. A DNS-t ezután szétválasztják a sejt ellentétes végein, és a sejtosztódáshoz szükséges fehérjék a sejt közepén gyülekeznek. A baktérium általában megduplázza intracelluláris folyadékát, az úgynevezett citoplazmát is. A fehérjék ketté hasítják a sejtet, és a legtöbb baktériumban egy új sejtfal épül fel az osztódás befejezéséhez.
A bináris hasadás baktériumok szempontjából előnye, hogy gyors és egyszerű. A betegség elleni védekezés és a megelőzés szempontjából a bináris hasadás azért előnyös, mert leegyszerűsíti a gyógyszer előállítását. A bakteriális fertőzés kezeléséhez általában csak egy gyógyszerre van szükség, mivel az összes baktérium azonos és ugyanazon a módon reagál. Sajnos azonban egyes baktériumok mutációk révén kialakítják a gyógyszerrezisztenciát, ami sokkal nehezebbé teszi a fertőzések kezelését.