Az élőhely pusztulásának elsődleges hatása a biológiai sokféleség csökkenése, amely a különböző állat- és növényfajok változatosságára és bőségére utal egy adott környezetben. Amikor egy állat elveszíti a túléléshez szükséges természetes otthont vagy élőhelyet, száma gyorsan csökken, és a kihalás felé halad. Becslések szerint 14-35 000 faj fenyeget a kihalás veszélyével, és az élőhelyek pusztulása az egyik fő ok.
Beporzás és magszórás
A vadon élő és a mezőgazdasági növények a szaporodáshoz a beporzástól függenek. A gyümölcsök és zöldségek, amelyek az emberi étrend kulcsfontosságú elemei, a méhektől és más rovaroktól függenek, hogy a virág virágról virágra kerüljön. Amikor az élőhelyek pusztulása csökkenti e beporzók fajtáit, a terméshozam is csökken. Például a csak erdőkben fészkelő csípős méhek 20 százalékkal növelik az erdőfoltok közelében elhelyezkedő kávéültetvények hozamát. Sok növény támaszkodik az állatokra, különösen azokra, amelyek gyümölcsöt esznek, a vetőmag elterjedésében. Az ilyen típusú állatok élőhelyének elpusztítása súlyosan érintheti a tőlük függő növényfajokat.
Éghajlat-szabályozás
A biodiverzitás elsősorban az éghajlat szén-dioxid-mennyiségének szabályozásával befolyásolja az éghajlatot. Az erdei élőhelyek pusztulása csökkenti az erdők szén-dioxid-abszorpciós képességét. A növény növekedési üteme és faanyaga meghatározza a szénforgalom sebességét benne. A tájképek is fontosak, mivel a szénmegkötés az erdőtöredékek szélein csökken. A tengeri ökoszisztémák szintén jelentős szerepet játszanak a szénmegkötésben.
Kártevők és betegségek elleni védekezés
A kártevők gyakran meghatározott növénytípusokat vesznek célba. Amikor az élőhelyek elpusztulnak és a növények sokfélesége csökken, a környezet több egy bizonyos növényt tartalmaz. Ez megkönnyíti a kártevők terjedését. A növények sokfélesége a rovarok és más állatok sokféle változatának, valamint a kártevők természetes ellenségeinek ad élőhelyet. A gombás növénybetegségek súlyosabbak a monokultúrás területeken, ahol egyetlen fajta növényt termesztenek.
Közvetett hatások
Az emberek számára előállított élelmiszer, ruházat és menedék sok közvetett módon függ az ökoszisztémák biológiai sokféleségétől. A mezőgazdasági növények sokfélesége megvédi a gazdákat a terméshibákkal szemben. Az élőhelyek pusztulása és a fajok sokféleségének csökkentése kiszolgáltatottabbá teheti az ökoszisztémákat az invazív fajokkal szemben, és közvetett módon befolyásolhatja az emberi egészséget és jólétet. Az invazív fajok hatását szemlélteti, mi történt, amikor a basszust bevezették a panamai Gatun-tóba. A basszus jelenléte a szúnyoglárvák ragadozóinak számának csökkenését és a malária előfordulásának növekedését eredményezte.