A Lyse szó görögből származik, és pusztán azt jelenti, hogy „szétválik” vagy „szétrobban.” arra vonatkozik, hogy mi történik a sejtekkel egy lízispufferben, amely megoldás nyitottá teszi őket a kivonáshoz tartalmát. A tudósok lízispuffereket használnak, amikor DNS-t vagy fehérjéket vonnak ki a sejtekből elemzés céljából, különösen a baktériumok esetében. A sejtlízis puffer típusa a kísérlet fajtájától függően változik, bár az alábbiakban néhány általános választási lehetőséget találunk.
TL; DR (túl hosszú; Nem olvastam)
A lízispufferek segítenek a nyitott sejtek feltörésében, így azok tartalma hozzáférhető vagy eltávolítható. Néhány példa a sók, detergensek, kelátképző szerek és inhibitorok, valamint néhány alkáli vegyszer.
Puffer és só
A pufferek stabilizálják a pH-t, miközben a sejtek hasadnak. A Tris-HCL az egyik legelterjedtebb vegyszer a puffereléshez pH 8 mellett. A HEPES egy másik gyakori pufferkémiai anyag ezekben a kísérletekben. A nátrium-klorid-só emelheti az ionerősséget, az oldott anyagok összes koncentrációját a sejteken kívül. Ez utóbbi pont némi jelentőséggel bír, mivel a víz diffundálhat a sejtmembránokon az alacsony oldott anyag koncentrációjú régióktól a magas oldott anyag koncentrációjú régiókig.
Oldó mosószerek
A mosószerek feloldják a sejtmembránokat, így a sejt tartalma kibújhat. Az amfipatikus és amfipatikus molekulaszerkezet (vagyis olyan molekulák, amelyek egyik vége könnyen kölcsönhatásba lép a vízmolekulákkal, míg a másik hidrofób vagy „víztől félő” végük nem). Feloldhatják a zsírokat micellák, kis csoportok kialakításával, ahol a detergensmolekulák hidrofób farka befelé mutat a zsírmolekulák felé. A szokásos detergensek közé tartozik a nátrium-dodecil-szulfát vagy SDS, NP-40 és a tritonX.
Kelátképző szerek és inhibitorok
A lízispufferek jellemzően kelátképző szereket, például etilén-diamin-tetraecetsavat (EDTA) vagy etilén-glikol-tetraecetsavat (EGTA) is tartalmaznak. Ezek a vegyi anyagok két pozitív töltéssel (például magnéziummal és kalciummal) kötődnek a fémionokhoz, ezáltal más reakciókhoz nem állnak rendelkezésre. Sok DNS-nek (fehérje, amely rágja a DNS-t) és proteázoknak (más fehérjét szeletelő fehérjék) magnéziumionokra van szükségük funkcióját, így az EDTA és az EGTA azáltal, hogy megfosztja tőlük ezt a kulcsfontosságú összetevőt, csökkenti a proteáz vagy a DNSse szintjét tevékenység. Nem zárják ki azonban teljesen, és egyes proteázok nem függenek a magnézium-kofaktoroktól, tehát a lízispufferek néha tartalmaznak proteáz-inhibitoroknak nevezett vegyi anyagokat is, amelyek kötődnek a proteázokhoz, és megakadályozzák működésüket megfelelően.
Lúgos lízis
A lúgos lízis, a plazmidok baktériumoktól való tisztításának nagyon gyakori technikája, három oldatot foglal magában. Az első glükózt, tris-HCL puffert, EDTA-t és RNS-eket tartalmaz. A glükóz magas oldott anyag koncentrációt hoz létre a baktériumokon kívül, így kissé petyhüdté válnak, ami megkönnyíti a lizálást. Az EDTA és a trisz-HCL a már leírtak szerint működik, míg az RNS-ek megrágják az esetleges RNS-t a sejt belsejében, hogy eltűnjenek az útból. A második megoldás valójában a sejteket lizálja. Ez SDS mosószert és NaOH-t tartalmaz, amelyek a pH-t 12-re vagy annál magasabbra emelik, denaturálva a sejtben lévő fehérjéket és a DNS-t egyetlen szálra szétválva. A harmadik oldat kálium-acetátot tartalmaz, hogy a pH-t semlegesebb szintre állítsa vissza, így a plazmid DNS-szálak visszajöhetnek. Időközben a denaturált fehérjék összetapadnak és kicsapódnak, míg a dodecil-szulfátionok jönnek a káliumionokkal együtt oldhatatlan vegyületet képez, amely szintén kicsapódik az oldatból.
