A természetes vizes élőhely összetett ökoszisztéma. A többi ökoszisztémához hasonlóan, akár szárazföldi, akár vízalapú, sok tényező befolyásolja a vizes élőhelyek formáját és működését. A biotikus és abiotikus tényezők és folyamatok egyaránt szerves részét képezik a természetes vizes élőhely ökoszisztémájának. A "biotikus" kifejezés az élőlényekre utal. Az "abiotikus" kifejezés olyan anyagokra, folyamatokra vagy tényezőkre utal, amelyek nem élnek.
Víz
Maga a víz talán a legfontosabb vizes élőhelyek abiotikus tényezője. Bár a víz gyakorlatilag minden biológiai folyamat szempontjából elengedhetetlen, maga a víz nem él, és az élőlényektől függetlenül is előfordulhat. A természetes vizes élőhelyeken a víz az a közeg, amelyben a teljes ökoszisztéma létezik és működik. A régebben eljegesedett régiók vizes élőhelyei - hatalmas jégtakarók formájában - korai kezdetüket a gleccser erőteljes faragási hatásainak köszönhetik. Tehát még a drámai módon eltérő víz is jelentős tényező volt a vizes élőhelyek fejlődésében.
Levegő
A vízzel ellentétben a levegő több kémiai vegyületből áll. Az oxigén, nitrogén, szén-dioxid és számos más gáznemű anyag alkotja a levegő kémiai összetételét. A levegő, különösen a benne lévő oxigén, egy másik kritikus abiotikus tényező a természetes vizes élőhelyeken. Gyakorlatilag minden vizes ökoszisztéma sokféle növényt és állatot tartalmaz. A zöld növények a levegőből származó szén-dioxidot használják fel; viszont hulladékként oxigént bocsátanak ki. Az állatok megfordítják; oxigént vesznek fel és használnak, és hulladékként a szén-dioxidot adják le. Bár vannak olyan organizmusok, amelyek oxigén hiányában képesek élni és növekedni, de túlnyomó többségük a természetes vizes élőhelyek - mind a víz alatt, mind a felszín felett - oxigént igényelnek a levegő.
Napfény
A napfény elengedhetetlen abiotikus tényező a természetes vizes élőhelyeken. A napfény biztosítja azt az energiát, amelyre a növényeknek szüksége van a fotoszintézis végrehajtásához. Ugyanezt az energiát a vizes élőhely más élőlényei továbbítják az élelmiszerláncon vagy az élelmiszerhálózaton keresztül. És a hőmérséklet természetesen abiotikus tényező, amely közvetlenül összefügg azzal az energiamennyiséggel, amelyet a vizes élőhely a naptól kap.
Ásványok
A víz alatt, egy természetes vizes élőhely alján különféle üledékes anyagok találhatók. Ennek az anyagnak a nagy része szerves vagy biotikus, és a vizes élő szervezetek bomló maradványaiból származik. De ennek az üledékanyagnak van ásványi összetevője is. Különböző típusú és méretű ásványi részecskék keverednek a szerves anyaggal. Csakúgy, mint a szárazföldi ökoszisztémákban, a természetes vizes élőhelyeken élő növényeknek életük és növekedésük érdekében abiotikus ásványi tápanyagokat kell beszerezniük. Az ásványi anyagok pedig nem korlátozódnak az alsó üledékekre; közvetlenül a vízbe oldhatók, ahol komplex természetes kémiai keveréket képeznek, amely befolyásolja az olyan tényezőket, mint a pH, a víz savasságának mértéke.
Sziklák
Az ásványi üledékek viszonylag kis részecskéi mellett a vizes élőhelyeken gyakran vannak nagyobb, különböző méretű és típusú kőzetek. Akár masszív, folyamatos alapkőzetréteg van a vizes élőhely alatt és képezi annak alapját, akár viszonylag kisebb a víz alatt lévő vagy a felszín felett kiemelkedő kőzetek, a kőzetek sokakban jelentős abiotikus tényezőt jelentenek vizes élőhelyek. A sziklákon át a növények és állatok szubsztrátjainak növekedése vagy süllődése természetes időjárási folyamatok - fokozatosan lebomlanak és ásványi tápanyagokat juttatnak a vizes élőhelyekhez ökoszisztéma.