Az emberek az ökoszisztémákra támaszkodva biztosítják az élelmiszereket és az egészséges emberi élet egyéb szükségleteit. Bizonyos emberi tevékenységek azonban pusztító hatással voltak az ökoszisztémákra. A szennyezéstől a túltermesztésig a vadon élő állatok és a természetes növényzet ember általi kártétele és kiaknázása egyes ökoszisztémákat rossz állapotban hagyott.
Az ökoszisztéma szennyezése
Az iparosítás számos mellékterméke károsította az ökoszisztémákat. Például a szén elégetése energiatermelés céljából olyan vegyszereket szabadít fel, mint a kén-dioxid. Az ilyen vegyi anyagok a levegőben savas esőhöz és savlerakódáshoz vezetnek, ami károsíthatja a növények és az állatok életét, különösen azért, mert savasítja a vízi ökoszisztémákat. Ezenkívül az emberi tevékenységekből származó folyékony kémiai lefolyás negatívan befolyásolhatja az ökoszisztémákat. Ilyen lefolyást nemcsak nagy ipari gyárak állítanak elő. A lakóövezetek gyepjeiből, műútjaiból és járdáiból származó cink és ólom lefolyása károsíthatja az ökoszisztémákat.
Városi terjeszkedés
A városok terjeszkedése a városok egyre nagyobb terjedése a korábban vidéki területekre. Tisztavágás és erdőirtás történt annak érdekében, hogy az urbanizáció vidéki régiókba lendüljön. Az erdők és más növényzet elvesztése mellett az ilyen hatóanyagok az élőhelyek töredezettségéhez vezetnek. Amikor az utak, otthonok vagy akár járművek átvágják az eredeti ökoszisztéma-összetételt, az állatok elvághatók élőhelyük nagy részétől, és ezáltal populációjuktól is.
Invazív fajok bemutatása
A fajok átvitele akaratlan is lehet, például egy növényi spóra összeköt egy cipőt. Vagy egy új faj bevezetése szándékosan történhet, mint az ázsiai pontyok esetében az Egyesült Államokban. Az Országos Vadvédelmi Szövetség adatai szerint a veszélyeztetett állatok 42 százalékát nem őshonos fajok fenyegetik. Ezek a fajok problémát jelentenek, mert versenyeznek az élelemért, és nem biztos, hogy jó táplálékul szolgálnak az őshonos fajok számára. Ezenkívül az invazív fajok csökkenthetik a biológiai sokféleséget és fizikailag megváltoztathatják az ökoszisztémát. Például egy invazív faj megváltoztathatja a talaj kémiai összetételét.
Az ökoszisztémák túltermelése
A túlszüret, amelyet néha túlkihasználásnak is neveznek, akkor történik, amikor a fajokat természetes élőhelyükről veszik ki. Ez előfordulhat az élőhely pusztulása következtében, de gyakrabban vadászat vagy halászat következménye. Az ilyen fenntarthatatlan tevékenységek különösen a halászati iparban tapasztalhatók, ahol a tőkehal, a foltos tőkehal és a lepényhal fajainak populációja drasztikusan csökkent. A túlzott betakarítás az ökoszisztémák egyensúlyhiányához vezethet, felboríthatja az élelmiszerláncot és károsíthat más, nem betakarított fajokat.