A Fülöp-szigetek a biodiverzitásban és az endemizmusban gazdag ország, számos természeti erőforrással, amelyek hozzájárulnak a gazdasághoz és a helyi közösségekhez. Partjai és parti élőhelyei különös jelentőséggel bírnak, a halászat, a mezőgazdaság és az ipar mind az ország vízi útjaitól és tengeri környezetétől függ. Az élőhelyek és a biológiai sokféleség csökkenését fenyegető veszélyek különféle gyakorlatokból származnak, ideértve a talajtisztítást, a fenntarthatatlan halászatot és a szennyezést.
Az erdőtakaró elvesztése
2000 és 2005 között a Fülöp-szigetek évente alig több mint két százalékát vesztette erdőterületén. Ez volt a második legmagasabb arány Délkelet-Ázsiában. 2005-től úgy gondolták, hogy az elsődleges erdőknek csak három százaléka maradt meg. A gyors erdőirtás különféle veszélyeket jelent az ökoszisztémára nézve, beleértve a biológiai sokféleség csökkenését, a talajeróziót, az áradásokat, a földcsuszamlásokat és a vízminőség romlását. Az erdőket veszélyezteti a kereskedelmi bányászat és fakitermelés.
A korallzátonyok leromlása
A Fülöp-szigetek a partok biológiai sokféleségének globális központja. A korallok és az élő zátonyhalak illegális gyűjtése és kivitele jelentős káros hatásokat eredményezett a biológiai sokféleségre, a korallzátonyok állapotára, a tengeri fűtakaróra és a halak számára. A zátonyok csupán 5 százaléka tartja fenn az élő korallborítás több mint 75 százalékát. A romboló halászati gyakorlatok magukban foglalják a túlhalászást, a vonóhálós halászatot, a dinamithalászatot és a cianid halászatot, ahol a cianid feloldódik a vízben és zátonyokba spriccel, míg más veszélyek a szennyezésből és erózió.
Mangrove-ok fenyegetései
A mangrove-ok fenyegetése a túlzott betakarítás, a környezetszennyezés és a mezőgazdaság és az emberi települések szabad eltávolítása. A garnélarák-tenyésztés szinte visszafordíthatatlan és gazdaságilag költséges kárt okoz a térségben, ami még inkább aggasztó, mert a garnélarák-gazdaságok alig három-öt év után veszteségessé válnak. A mangrove pusztulás a korallzátonyok lebomlásához is kapcsolódik, mivel a zátonyok megvédik a mangrove-okat az erős hullámoktól és áramlatoktól, amelyek elmossák a finom üledéket, amelyen a mangrove növekszik.
A biológiai sokféleség elvesztése
A Fülöp-szigetek megabiodiverzális országnak számít. Nagyon sok egyedülálló növény- és állatvilága van; valójában szárazföldi gerinceseinek csaknem a fele és az érinövényeinek legfeljebb 60 százaléka egyedülálló az országban. A biodiverzitás csökkenésének mértékét néhány megdöbbentő eredmény tükrözi. 2006-tól a gerinces fajok alig több mint 20 százalékát veszélyeztetettnek minősítette a Nemzetközi Természetvédelmi Egyesület. Körülbelül 127 madárfajt tartanak veszélyeztetettnek, és az egykor elterjedt Fülöp-szigeteki kakadu már kritikusan veszélyeztetett.
