Nagyon kevés baktérium termel endoszporát. A Firmicute-menedékházban található fajok közül csak néhány termel endoszporákat, amelyek nem reproduktív struktúrák, amelyek DNS-t és a citoplazma egy részét tartalmazzák. Az endospórák nem igazi spórák, mivel nem a baktérium utódai. Az endospórák akkor alakulnak ki, amikor a baktériumokat szélsőséges vagy kedvezőtlen környezeti körülmények érik. Hosszú ideig képesek túlélni akkor is, ha éheznek ételtől, és olyan vegyi anyagoknak és hőmérsékletnek vannak kitéve, amelyek normálisan elpusztítják a baktériumokat.
Bacillus baktériumok
Az összes endospórát termelő baktérium közül a Bacillus nemzetség baktériumait tanulmányozzák a leggyakrabban. A Bacillus baktériumok sokfélék és sokféle környezetben fejlődnek. E baktériumok endospórái nagyon mérgezőek sok organizmusra, beleértve az embert is. A Bacillus anthracis kórokozó egy jól ismert toxin, amelyet mind a tudósok, mind a terroristák használtak. A Bacillusnak azonban számos más faja is van.
Clostridium baktériumok
Az endospórát termelő baktériumok más fajaihoz hasonlóan a Clostridium baktériumok is gram-pozitívak, jelezve, hogy hasonló jellemzőkkel rendelkeznek, mint például a sejtfal szerkezete. A gram-pozitív baktériumok érzékenyek ugyanazokra vagy szorosan rokon antibiotikumokra. A Clostridium nemzetségbe tartozó baktériumok felelősek az emberi betegségek széles köréért, az enyhe ételmérgezéstől a botulizmusig, valamint a tetanuszig és a gáz gangrénáig.
Desulfotomaculum baktériumok
A többi endospórát termelő baktériumhoz hasonlóan a Desulfotomaculum nemzetségben lévő baktériumok is felelősek az élelmiszer romlásáért és a betegségekért. A deszulfotomaculum baktériumok a rosszul konzervált élelmiszerek romlását okozhatják. Ahol bőven vannak, kellemetlen kénszerű szagot árasztanak.