Kisela kiša nije postala ekološki problem sve do sagorijevanja velikih količina fosilnih goriva tijekom industrijskog doba. Neke kisele kiše javljaju se prirodno, ali emisije sumpornog dioksida i dušikovog oksida iz dimnjaka kombiniraju se s kišom stvarajući sumpornu i dušičnu kiselinu u količinama koje štete okolišu. Regija Sjedinjenih Država koja je najviše oštećena od kiselih kiša je Istočna obala, uključujući Apalačke planine i sjeveroistok.
U proučavanju nacionalnih jezera i potoka koji pokazuju kisele uvjete, Nacionalna površinska voda Istraživanje je pokazalo da su kisele kiše uzrokovale kiselost u 75 posto jezera i oko 50 posto jezera potoci. Najveća kiselost dogodila se duž atlantske obale, gdje vode za početak imaju prirodno veću kiselost. Najveća stopa kiselosti potoka, preko 90 posto, javlja se u regiji New Jersey Pine Barrens. Prema istraživanju, malo jezero Echo u Franklinu u New Yorku imalo je jedno od najkiselijih stanja, s pH od 4,2.
Kisela kiša razgrađuje tlo ispiranjem kemikalija poput kalcija i magnezija, koje puferiraju kiselost i biljkama pružaju osnovne hranjive sastojke. Kiselost također oslobađa potencijalno toksični otopljeni aluminij u vodu. Naročito su pogođene apalačke šume od Mainea do Georgia. Drveće obično ne umire izravno, već je oslabljeno i osjetljivije na patogene, insekte, sušu ili ekstremnu hladnoću. Znanstvenici očekuju da će Program kiselinske kiše američke Agencije za zaštitu okoliša, koji smanjuje emisije sumpornog dioksida, značajno smanjiti zakiseljavanje duž istočne obale.