Arhebakterije su organizmi koji se zapravo biokemijski i genetski vrlo razlikuju od ostalih bakterija. Stoga su arhebakterije zastarjeli pojam i sada su svrstane u domenu Archaea. Klasifikacije unutar ove domene neslužbene su zbog rasprava o potomstvu mikroba. Mnogi žive u ekstremnim temperaturama hidrotermalnih otvora duboko u oceanu ili u vrućim izvorima, a neki žive u blatu bez kisika. Drugi žive u vrlo slanoj vodi, a treći u ekstremnim alkalnim ili kiselim okruženjima, ili čak u ulju. Sljedeći su primjeri klasificirani prema taksonomskom poretku kraljevstva, roda, klase, reda, obitelji, roda i vrste.
Hidrotermalni otvor Archaea
Jedan od primjera u domeni Archaea je Metanocaldococcus jannaschii, trenutno klasificirano kao Archaea: Euryarchaeota: Metanobakterije; Metanobakterije: Metanobakterije, Metanokaldokok i vrste jannaschii. Dobiven je iz hidrotermalnog otvora na dnu oceana koji živi pod pritiskom većim od 200 atmosfera i temperaturama iznad 85 Celzijevih stupnjeva. Opstaje bez kisika i proizvodi metan kao produkt svog metabolizma.
Arheje koje uspijevaju u ljudskim crijevima
Metanibrevibacter smithii trenutno klasificiran kao Archaea; Euryarchaeota; Metanobakterije; Metanobakterije; Metanobakterije; Metanobrevibacter i vrste smithii. Zauzima ljudska crijeva i funkcionira bez kisika. Pretvara CO2 na metan i važan je u razgradnji hranjivih sastojaka.
Arheja koja voli sol
Haloquadra walsbyi trenutno je klasificiran kao Archaea; Euryarchaeota; Halobakterije; Halobacteriales; Halobacteriaceae; Haloquadratum; i vrsta walsbyi. Prebiva u izuzetno slanom okruženju i koristi energiju sunca u procesu fotosinteze. Oni su četvrtastog oblika i imaju vrećice napunjene plinom koje im omogućuju plutanje. Također se mogu povezati i oblikovati velike listove.
Duboke arheje koje koriste sumpor
Thermococcus litoralis je još jedna vrsta dubokog morskog ventilacijskog otvora. Trenutno je klasificiran kao Archaea; Euryarchaeota; Termokoki; Termokokake; Termokok; i vrsta litoralis. Za rast mu je potreban sumpor i, za razliku od ostalih primjera, ne proizvodi metan. Uspijeva na visokim temperaturama i jedna je od arheja, uključujući još uvijek otkrivene vrste.
Mala, parazitska arheja stoji samostalno u klasifikaciji
Nanoarchaeum equitans jedini je poznati član podrazreda Nanoarchaeota Archaea. Znanstvenici su otkrili da živi na staničnim zidovima nove Ignicoccus vrste pronađene na dnu oceana, u blizini termalnih otvora i u vrućem izvoru smještenom u nacionalnom parku Yellowstone. Nanoarchaeum equitans, koji izgleda da ima parazitski odnos s Ignicoccus vrsta, malen je, promjera samo 400 nanometara, a čini se da uspijeva na temperaturama između 167 i 204 stupnjeva Fahrenheita.