U 19. stoljeću taksonomija - klasifikacija živih organizama - bila je najveći bijes u biologiji. I amateri i profesionalni prirodoslovci bili su toliko zaluđeni skupljanjem i identificiranjem bića, da su rijetke kornjaše bile vruća roba. U to se vrijeme malo znalo o mikroorganizmima i njihovom mjestu u svijetu živih bića, a klasifikacija mikrobiologije nije dobivala toliko pažnje. U desetljećima koja su uslijedila zabilježen je dramatičan porast znanja o mikrobima i metodama identificiranje mikroorganizama, s dijelom tog povećanja prikazanim učinkovitom klasifikacijom mikroorganizmi.
Komponente taksonomije
Taksonomija ima tri komponente: nomenklatura, klasifikacija i identifikacija. Nomenklatura jednostavno dodjeljuje ime vrsti. Klasifikacija grupira vrste prema zajedničkim karakteristikama - od kojih su neke fizikalne, a neke biokemijske. Identifikacija koristi značajke organizma da bi se utvrdilo gdje mu je mjesto u klasifikacijskoj shemi. Suvremena taksonomska shema ima najveću, najobuhvatniju skupinu, domene. Najmanja skupina je vrsta. Od najobuhvatnijeg do najspecifičnijeg, razine se odvijaju ovako: domena, kraljevstvo, vrsta, klasa, poredak, obitelj, rod i vrsta. Ti si, na primjer, primat Eukarya Animalia Chordata Mammalia Hominidae Homo sapiens.
Mikroorganizmi i domene
Mikroorganizmi su izuzetno raznoliki. Nisu definirani nekom posebnom vrstom strukture ili funkcije, već jednostavno njihovom veličinom. Mikroorganizmi su toliko ronioci da spadaju u sve tri različite klasifikacije najviše razine - sve tri domene. Jedna domena su bakterije, druga su arheje, a konačna eukarija. Svi članovi domena bakterija i arheja jednostanični su mikroorganizmi. Obje su stanice bez membrana koje odvajaju svoj genetski materijal od ostatka stanice - membrane koje definiraju jezgru. Dakle, sva kraljevstva, staleži, klase, redovi, obitelji, rodovi i vrste unutar domena bakterija i arheja mikroorganizmi su.
Jednostanični protisti
Eukarije su organizmi čije stanice sadrže jezgru. Mnogi su eukariotski organizmi jednoćelijski mikroorganizmi, ali mnogi drugi - poput stabala crveno drvo ili vi - niste. Stoga su potrebne dodatne klasifikacije. Kraljevstvo Protista unutar domene Eukarya sastoji se od samo jednoćelijskih mikroorganizama. Protisti su odvojeni u tri različite skupine vrsta: četiri različite vrste algi, četiri različite vrste protozoa i dvije različite vrste plijesni. Ali svi organizmi unutar ove vrste - svi unutar kraljevstva Protista - su mikroorganizmi.
Mikroskopske gljive
Kraljevstvo Gljive nalazi se unutar domene Eukarya. Neki tipovi gljiva sadrže mikroorganizme. Primjerice, vrsta Zygomycota sadrži mikroskopske plijesni za kruh, a vrsta Ascomycota sadrži kvasce i štetočine i parazite u usjevima mikroba. Lišajevi su simbiotski sklop gljive i fotosintetskog organizma - djelomično sadržani u kraljevstvu Gljive, a dijelom u drugim kraljevstvima ili čak drugim domenama.