Pokazalo se da je struktura deoksiribonukleinske kiseline - DNA - dvostruka zavojnica prije nekoliko godina, ali konvencija imenovanja svakog lanca postala je tema zbrke kako za znanstvenike, tako i za studente. Među DNK parovima jedan se zove Watson, a drugi Crick, prema dvojici suotkrivača DNA. Ali znanstvena se literatura ne slaže oko toga koji pramen treba dobiti koje ime. Sustav imenovanja Watson-Crick trebao je ukazati na različita funkcionalna svojstva svakog lanca u DNA strukturi, što je isti cilj ostalih sustava imenovanja. Ključno je razumjeti različite kontekste u kojima pojedini dijelovi trebaju poprimiti različita imena. Dva savršena primjera su njihove različite uloge u replikaciji ili transkripciji DNA. Znanje što svaka nit radi u biološkom procesu pomoći će razjasniti zašto je dobilo to ime.
Anti-Sense nije glupost
Transkripcija je postupak kopiranja DNA u RNA. To čini enzim zvan RNA polimeraza (RNA Pol). RNA Pol čita samo jedan od dva lanca DNA dok stvara molekulu RNA. Dvolančana molekula DNA razdijeljena je i RNA Pol veže se na jedan lanac koji će čitati i kopirati. Ovaj pramen naziva se predložak pramen ili anti-sense lanac. Proizvedena RNA molekula komplementarna je lancu matrice, što znači nukleotidima lanac predloška i molekula RNA međusobno se podudaraju u skladu s pravilima: adenin prema uracilu, a gvanin prema citozin.
Ovaj ima smisla
Kad se RNA transkribira iz DNA, RNA polimeraza veže se i kopira lanac predloška. Preostali lanac naziva se kodirajući lanac (vidi referencu 5) ili osjetni lanac. S obzirom na osnovna pravila sparivanja nukleinskih kiselina (A parovi s T, a G parovi s C), kodirajući ili smisleni lanac DNA ima identičan slijed kao i RNA koja se stvara. Iznimka je u tome što RNA sadrži nukleotid U (uracil) umjesto T (timin), a oba se spajaju s A (adenin).
Glatka vožnja
Prije mitoze ili diobe stanice, stanica mora replicirati svoju DNK tako da će svaka kćerka stanica imati identičan broj DNA lanaca. DNA polimeraza je enzim koji kopira duge dijelove DNA u više DNA. Na replikacijskoj vilici molekula DNA se otkopča i stvara mjehurić u koji polimeraza klizi. Polimeraza se veže na oba lanca odmotane DNA i započinje s kopiranjem oba lanca. Jedna od kopija izrađena je kao jedan kontinuirani pramen, koji se naziva vodeći pramen. Replikacija DNA još je jedan slučaj kada se lanci DNA imaju različita imena.
Stop and Go Traffic
Antiparalelna struktura DNA ljestvice znači da jedan pramen ide od glave do repa, dok drugi lanac ide od repa do glave. Tijekom replikacije DNA, DNA polimeraza mora istodobno čitati i kopirati oba lanca, iako se kreću u suprotnim smjerovima. Budući da DNA polimeraza može čitati i kopirati DNA niti u jednom smjeru - od repa do glave - niti da se Polimeraza susreće usmerena u glavu do repa ne može se čitati i kopirati kao jedna kontinuirana nasukati. Ovaj pramen od glave do repa kopira se kao kratki fragmenti, nazvani Okazaki fragmenti, koji se kasnije stope i tvore jedan dugi pramen. U replikaciji DNA, lanac koji se stvara u fragmentima naziva se zaostalim lancem.