Bakterije i drugi mikrobi često su povezani s bolestima, ali imaju važnu ulogu u procesu recikliranja otpada. Oni su odgovorni za biorazgradnju organskih materijala i recikliranje hranjivih sastojaka u prirodnom okolišu. Uz ovu temeljnu ulogu, mikrobi su također bitni za faze fermentacije recikliranja otpada, biorazgradnja nafte u morskim ekosustavima, korisna u pročišćavanju otpadnih voda i u proizvodnji Alternativna energija.
Prirodna biorazgradnja
Mikroorganizmi recikliraju hranjive sastojke u okolišu, razgrađujući organske materijale. Organski materijali, poput trupova životinja i stabala, propadaju djelovanjem mikroba koji se raspadaju, a koji su odgovorni i za uklanjanje industrijskog i kućnog otpada. Kroz proces koji se naziva biorazgradnja, mikrobi koriste hranjive i kemijske tvari koje se nalaze u okolišu za vlastiti opstanak. Hranjive tvari razgradnjom ovih proizvoda u okolišu se mogu slobodno hraniti biljkama ili algama, koje pak hrane sve životinje.
Vrenje
Ljudi su od davnina koristili bakterije, kvasce i druge mikrobe za proizvodnju mnogih vrsta hrane i pića. Kruh je rezultat mikrobne fermentacije šećera kako bi se dobio ugljični dioksid, koji se oslobađa u tijestu, a kruh raste. Mikrobi su također temeljni u proizvodnji piva i vina, pretvarajući šećere u alkohol. Fermentacija mikroba također je korak tijekom kemijskog postupka recikliranja otpada. Aspergillus carbonarius je mikroorganizam koji se koristi za biorazgradnju kromovih strugotina, koje su dio otpada od kože.
Biorazgradnja ulja
Mikrobi koji troše ugljikovodike, kao što je Alcanivorax borkumensis, koriste se za čišćenje izlijevanja nafte, posebno u dubokim vodama. Prema članku objavljenom u časopisu "Scientific American", mikrobi su jedini proces koji razgrađuje ulje dublje u vodi, dok se na površinu mogu primijeniti fizički procesi poput isparavanja ili valova vode. Bakterije razgrađuju prstenaste strukture ugljikovodika u ulju pomoću enzima i kisika sadržanih u morskoj vodi. Bakterije koje troše ulje prirodno se javljaju u svim oceanima svijeta, od Arktika do Antarktika.
Proizvodnja energije
Pri razgrađivanju pivskog otpada i ostalih organskih materijala, mikrobi mogu proizvesti plin metan, glavnu komponentu prirodnog plina. Od veljače 2011. znanstvenici sa Sveučilišta Cornell u New Yorku također istražuju upotrebu mikrobnih zajednica za proizvodnju tekućih biogoriva, izvještava Science Daily. Anaerobni mikroorganizmi, koji žive u okruženjima u kojima nedostaje kisika, također mogu pretvoriti mješavinu stajskog gnoja i energetskih usjeva, kao što su:
- šećerna trska
- kukuruz
- u struju
