Kloniranje je vruće etičko pitanje u znanstvenoj zajednici, ali bakterije se cijelo vrijeme kloniraju. U procesu koji se naziva binarna fisija, jedna bakterija udvostručuje svoju veličinu i genetski materijal, a zatim se razdvaja dajući dvije identične stanice.
U usporedbi s dijeljenjem eukariotske stanice ili mitozom, binarna fisija je relativno jednostavan postupak. Prvo, bakterija kopira svoju DNK - genetski materijal koji je u bakterijama kružan. DNA daje sve informacije potrebne za stvaranje identične stanice. DNA se zatim razdvaja na suprotnim krajevima stanice, a proteini potrebni za staničnu diobu okupljaju se u središtu stanice. Bakterija obično udvostručuje i unutarćelijsku tekućinu, koja se naziva citoplazma. Proteini cijepaju stanicu na dva dijela, a kod većine bakterija izgrađuje se nova stanična stijenka koja dovršava diobu.
Prednost binarne fisije iz perspektive bakterija je u tome što je brza i jednostavna. Iz perspektive kontrole i prevencije bolesti, binarna fisija je korisna jer pojednostavljuje proizvodnju lijeka. Obično je za liječenje bakterijske infekcije potreban samo jedan lijek, jer su sve bakterije identične i reagirat će na isti način. Nažalost, međutim, neke bakterije razvijaju rezistenciju na lijekove mutacijom što otežava liječenje infekcija.