Mikroorganizmi pronađeni u kanalizaciji potječu iz dva izvora - tla i sanitarnog otpada. Prema web mjestu Mountain Empire Community College, jedan mililitar kanalizacije obično sadrži između 100 000 i 1 milijun mikroorganizama. Iako većina ovih organizama, poput različitih vrsta bakterija, igraju ključnu ulogu u razgradnji otpada i jesu koji se smatraju sastavnim dijelom organske tvari, neki su patogeni ili prenose bolest i predstavljaju opasnost za javnost Heath.
Parazitske bakterije
Bakterije su jednoćelijski organizmi koji se razmnožavaju u suspendiranim tvarima, poput mulja. Kad naiđu na opskrbu hranjivim tvarima, hrane se unoseći hranu izravno kroz staničnu stijenku i brzo se razmnožavaju. Među brojnim vrstama bakterija u kanalizaciji, najčešći su tipovi fekalnih koliformnih vrsta, koje potječu iz čovjekovih crijeva i putuju kroz ljudska ispuštanja. Ove parazitske bakterije zahtijevaju živi organizam ili domaćina i lako dostupnu opskrbu hranom.
Patogene bakterije
Specifični oblici parazitskih bakterija proizvode toksine koji uzrokuju bolesti u organizmu domaćina. Ove patogene vrste bakterija mogu otpustiti ljudi koji pate od dizenterije, kolere, trbušnog tifusa i drugih bolesti crijeva. Patogeni koji se obično nalaze u kanalizaciji uključuju Salmonelu, Shigelu, E. coli, Streptococcus, Pseudomonas aeroginosa, mycobacterium i Giardia Lamblia, prema web mjestu Vijeća za kvalitetu i zdravlje. Izbijanje šigeloze rezultat je slatkovodnih školjki zagađenih protokom otpadnih voda, kako su zabilježili američki Centri za kontrolu i prevenciju bolesti. Zbog rasta populacije i povećanog ispuštanja u otpadne vode, rezultirajuće obilje patogenih bakterija nadvladava prirodne procese razgradnje i razrjeđivanja.
Saprofitne bakterije
Saprofitne bakterije proždiru mrtve organske tvari, što pomaže razgradnji otpada na anorganske i organske nusproizvode. Te bakterije igraju ključnu ulogu u obradi kanalizacije olakšavajući ili ubrzavajući proces razgradnje organske tvari. Bez saprofitnih bakterija možda neće doći do razgradnje. Različite vrste saprofitnih bakterija propadaju nakon što su odigrale svoju ulogu u relevantnoj fazi razgradnje.
Virusi
Među mikrobima koji se nalaze u kanalizaciji nalaze se virusi, parazitski organizmi kojima je potrebna živa tvar da bi se hranila, rasla i reproducirala. Patogeni virusi koji postoje u otpadnim vodama uključuju dječju paralizu i hepatitis. Razni crijevni virusi, kao što su coxsackie, adenovirus i ECHO, ili enterična citopatska ljudska siročad, također se nalaze u otpadnim vodama. Još jedan uobičajeni tip virusa u kanalizaciji, koji lovi bakterije, ali ne i ljude, poznat je kao fag ili bakteriofag. Za razliku od bakterija, broj patogenih virusa u kanalizaciji je mali. Prema web mjestu Mountain Empire Community College, među procijenjenim milijunima koliformnih bakterija može postojati jedan zarazni virus.