Ionska izmjena široko se koristi za pročišćavanje vode u industrijskim i komunalnim sustavima za pročišćavanje vode. Postupak pruža brojne prednosti u odnosu na druge metode liječenja. Prikladan je za okoliš, može osigurati visoki protok pročišćene vode i ima niske troškove održavanja. Zajedno s ovim prednostima, postoje i određeni nedostaci povezani s izmjenom iona, poput zaprljanja kalcijevog sulfata, željeza onečišćenje, adsorpcija organske tvari, organsko onečišćenje smolom, bakterijsko onečišćenje i klor onečišćenje.
Najčešći regenerator (kemikalija koja se koristi za punjenje smole) koja se koristi za kationsku smolu je sumporna kiselina. Neke izuzetno tvrde vode sadrže velike količine kalcija, a kada taj kalcij reagira s regenerirajućom sumpornom kiselinom, on stvara kalcijev sulfat kao talog tijekom procesa regeneracije. Ovaj talog može zaprljati zrnca smole i može začepiti cijevi u posudi.
Napojna voda iz podzemnih vodnih provrta ima topljivo željezo u obliku željeznog iona. Omekšivači ionske izmjene uklanjaju male količine ovog željeza, ali ako ta napojna voda prije tretmana dođe u kontakt sa zrakom, ioni željeza pretvaraju se u željezne ione. Ti se željezni ioni talože kao željezni hidroksid nakon reakcije s vodom. Ovaj spoj može začepiti kuglice smole i utjecati na učinkovitost smole. To čak može dovesti do otkaza stupca omekšivača.
Napojna voda iz jezera i rijeka obično sadrži velike količine otopljene organske tvari. Žuta ili smeđa boja ove hranidbene vode posljedica je propadajuće vegetacije i drugih organskih tvari prisutnih u njoj. Te organske tvari mogu se trajno adsorbirati unutar zrnaca smole, što rezultira smanjenom učinkovitošću smole. Tako se kvaliteta pročišćene vode pogoršava. Te se organske onečišćenja mogu ukloniti prije obrade smolom obrađivanjem napojne vode stipsom da istaloži organsku tvar.
Sama smola za izmjenu iona ponekad može postati izvor organske kontaminacije. Nova smola za izmjenu iona često ima organske elemente koji ostaju u kuglicama smole nakon proizvodnje. Takva kontaminacija smole može se tretirati propuštanjem pročišćene vode kroz uređaj za obradu ultra filtracijom.
Smole za jonsku izmjenu ne uklanjaju mikroorganizme poput bakterija iz napojne vode, ali ponekad pomažu u rastu bakterija. Gredice smole mogu akumulirati organsku tvar koja služi kao izvor hranjivih sastojaka za daljnji rast bakterija. Kada je nakon tretmana potrebna sterilna voda, demineraliziranu vodu koju proizvodi uređaj za obradu ionske izmjene treba tretirati toplinom, ultraljubičastim zračenjem ili vrlo finom filtracijom. Slojevi smola za jonsku izmjenu mogu se tretirati i dezinficijensima poput formaldehida, ali ne toplinom ili klorom jer će oštetiti smolu.