Ni znanstvenici nisu 100 posto sigurni kako točno nastaju ametist geode - ili kako nastaju bilo koje geode. Nije bilo puno istraživanja, jer su geode samo zabavne znanstvene anomalije s malo znanstvenih koristi, ako ih uopće ima. To su stijene koje se izvana čine običnim, ali kad se otvore, u sredini otkrivaju šupljinu ispunjenu prekrasnim kristalima. Opći je znanstveni konsenzus da se ametist geode stvaraju u dva koraka. Prvo, tu je stvaranje šupljine, a zatim stvaranje kristala.
Ametist geoda je šuplja stijena s kristalima ametista koji oblažu unutarnje zidove, pa prvo mora nastati šupljina. To se može dogoditi bilo gdje gdje je ili je lava bila blizu zemljine površine. Kao rezultat toga, ametist geode mogu se naći na tisućama mjesta širom svijeta. Prvi korak u prirodnom procesu koji stvara ametist geode je stvaranje plinskih šupljina u lavi. Plinske šupljine mogu nastati iz mjehurića (baš kao što karbonizacija uzrokuje mjehuriće u vašoj sode). Neki znanstvenici teoretiziraju da šupljine mogu nastati i kada hlađenje lave teče blizu korijenja drveća ili drugih stvari koje vire iz zemlje. Rashladna lava se potpuno stvrdne prije nego što se ispuni oko izbočine, stvarajući šupljinu.
Šupljine se zatim napune tekućinom bogatom silicijevim dioksidom koja sadrži željezo u tragovima. S vremenom ta tekućina stvara kristale - šestostrane piramide (romboedre) ametista. Kristali u boji u rasponu od svijetlo lila do duboko ljubičaste nastaju kada u tekućini postoji trag željeza, što rezultira ametistnim geodama.