Abiotska značajka je neživa komponenta ekosustava koja utječe na način na koji cvjetaju živa bića. Vodeni biomi uključuju ocean, jezera, rijeke, potoke i bare. Bilo koja vodena površina koja skriva život vodeni je biom. Vodeni biomi domaćin su mnogim abiotskim značajkama, ali posebno ovise o pet od tih obilježja.
Sunčeva svjetlost
Sunčeva svjetlost vitalna je za fotosintezu, koja čini osnovu za većinu prehrambenih lanaca u vodenim biomima. U plitkoj vodi dostupna količina sunčeve svjetlosti u velikoj mjeri ovisi o čimbenicima koji se mijenjaju, poput sezone, naoblake i lokalnog zemljopisa. U dubokoj vodi oceana i nekim jezerima, međutim, sunčeva svjetlost prodire samo djelić puta do dna, ostavljajući goleme zaljeve vode u potpunoj tami. Većina oceana uopće ne prima sunčevu svjetlost. Život na tim dubinama u velikoj je mjeri ovisan o ostacima plićih ekosustava.
Temperatura
U malim vodenim tijelima temperatura može jako varirati između dana i noći, te prema sezoni. Organizmi moraju biti spremni nositi se s tim fluktuacijama ili izumrijeti. U velikim jezerima i dubokim oceanima temperatura je funkcija dubine. Kako se sunčeva svjetlost smanjuje s dubinom, tako voda postaje hladnija, a temperatura manje ovisi o površinskim uvjetima. Duboko u oceanu temperatura pada gotovo do smrzavanja i ostaje nevjerojatno stabilna. Iznimka su sićušni "otoci" pregrijane vode koje pružaju vulkanski otvori na dnu oceana, a koji razvijaju vlastite visoko specijalizirane ekosustave.
Kemijski sastav
Dvije najvažnije kemikalije koje se otapaju u vodi su kisik i ugljični dioksid. Kisik je potreban za potporu životinjama i nekim oblicima algi, dok je ugljični dioksid potreban za život biljaka. Ako se odbaci ravnoteža između ove dvije kemikalije, rezultat može biti masovno odumiranje biljnog ili životinjskog svijeta. Na kemijski sastav vode utječu i lokalni uvjeti tla i otjecanje od ljudskih aktivnosti. Neznatno povećanje razine nekih kemikalija može biti izuzetno štetno za vodeni svijet.
Teren
Ogromno različiti ekosustavi evoluirali su kako bi iskoristili prednosti podvodnog terena. Spora rijeka s muljevitim dnom udomit će potpuno drugačiju riblju populaciju od potoka koji brzo i bistro teče preko stijena. Okean ima raznolike populacije koje ovise o koraljnim grebenima, pješčanim obalama, stjenovitim otočnim planinama ili prostranstvu otvorenog oceana. Često će vrsta ovisiti o više terena u svom životnom ciklusu, iako su neki stručnjaci koji ne mogu preživjeti izvan uskog raspona terena.
Poremećaj vode
Smetnje u vodi mogu imati oblik valova, strujanja ili kretanja rijeka. Količina smetnji koje podliježe vodenom tijelu određuje količinu kisika i ugljičnog dioksida koji se otapaju u vodi atmosferi, raslojavanju temperature s površine na veće dubine i učincima kemikalija prisutnih u voda. Mirno jezero imat će uži i rigidnije definirani skup temperaturnih slojeva od oceana pretučenog valovima, dok se životni zahtjevi u brzoj rijeci razlikuju od oba.