Pustinja Mojave dom je nekoliko brzorastućih pustinjskih zajednica i dostupna je velikim populacijama koje graniče s pustinjom. Zagađenje od urbanih, poljoprivrednih i rudarskih aktivnosti ozbiljno utječe na osjetljive pustinjske ekosustave Mojavea, a također dovodi u opasnost ljudsko zdravlje. Uz to, velik broj ljudi koristi Mojave za rekreaciju, što uzrokuje daljnju degradaciju.
Zagađenje vode
•••Jupiterimages / Photos.com / Getty Images
Voda je rijedak izvor u Mojaveu. Gotovo sva voda za stambenu, industrijsku i poljoprivrednu upotrebu dolazi iz podzemnih voda. Izvori vode su već prekomjerno dodijeljeni. Na temelju projekcija rasta stanovništva predviđa se da će potražnja premašiti ponudu u našem životu. Ispuštanje vode isušuje močvare i rijeke, uništavajući stanište mnogih vrsta riba i divljih životinja, od kojih su neke jedinstvene za Mojave. Nešto se vode vraća u vodonosne i površinske vode, ali budući da se ta voda odvodi iz gradskog, poljoprivrednog i rudarskog zemljišta, često je zagađena kemikalijama, metalima i hranjivim tvarima.
Invazivne biljke
•••Stockbyte / Stockbyte / Getty Images
Obogaćivanje tla dušikom, uzrokovano suhim padom onečišćujućih tvari iz zraka, zajedno s poremećajima tla pretvorilo je Mojave u utočište za invazivne biljke. Raseljavanje izvornih biljnih vrsta invazivnim vrstama ima mnogo štetnih utjecaja na ekosustav Mojave. Invazivne biljke možda nisu prikladne za domaće divlje životinje, koje su često ovisne o autohtonoj vegetaciji za hranu ili sklonište. Uz to, s povećanjem raznolikosti unesenih biljaka dolazi i mogućnost invazije unesenih životinja. Neke uobičajene invazivne biljne vrste su solnica, bromovska trava, višegodišnja paprika i ruski čičak. Te vrste rastu na mnogo većim površinama od domaćih biljaka, pružajući dodatno gorivo za požare koji su postajali sve češći i intenzivniji. Ovo je veliki problem za ekosustave Mojave koji nisu navikli na često izgaranje.
Zagađenje zraka
•••Photos.com/Photos.com/Getty Images
Dva su glavna izvora onečišćenja zraka u Mojaveu. Prvi je smog koji se u pustinju prevozi iz pograničnih gradova. Smog sadrži visoke koncentracije ugljičnog monoksida i dušikovog dioksida, kao i ozona, čestica i metala. Ova onečišćenja zraka uzrokuju lošu vidljivost, ljudske zdravstvene probleme i štete biljkama i životinjama. Drugi izvor su poremećaji u pustinjskom tlu uzrokovani aktivnostima kao što su terenska rekreacija, poljoprivreda, izgradnja infrastrukture, vojne vježbe i rudarske operacije. Te aktivnosti stvaraju prašinu koja se može nakupiti u velike perjanice. To se pokazalo posebno štetnim za pustinjsku vegetaciju. U članku objavljenom u izdanju časopisa "Journal of Applied Ecology" u kolovozu 1997. istraživači su otkrili da prašina vjetrom smanjena stope fotosinteze triju autohtonih biljnih vrsta Mojave sprečavanjem izmjene i transpiracije plina i uzrokujući smanjenu učinkovitost korištenje vode.
Zagađenje legla
•••Jupiterimages / Photos.com / Getty Images
Pustinja Mojave kritično je stanište za pustinjsku kornjaču, koja je sada navedena kao ugrožena od strane američke Službe za ribu i divlje životinje. Propadanje pustinjske kornjače može se u potpunosti pripisati promjenama staništa izazvanim čovjekom. Članak objavljen u izdanju "Western North American Naturalist" iz siječnja 2007. izvještava o učincima smeća na pustinjske kornjače u pustinji Mojave. Autori napominju da smrt ili ozljeda kornjača ulovljenih u leglu ili koje konzumiraju leglo nije novost. Nakon što su svjedočili kako kornjača jede balon, primijetili su da je 178 novih balona puhnulo na njihovo mjesto proučavanja Mojave tijekom razdoblja od devet mjeseci. Odbačeno smeće negativno utječe i na mnoge druge vrste divljih životinja.