Morski ekosustav je pod velikim stresom; u mnogim su područjima uvjeti neophodni za održavanje života ili ugroženi ili ne postoje. Uništavanje morskih staništa posebno je rašireno duž obala gdje se povećala ljudska populacija. Gubitak staništa, zagađenje, prekomjerni ribolov, razorne ribolovne prakse i globalno zatopljenje potkopavaju morski okoliš.
Obalne crte
Gubitak staništa, zagađenje, oticanje i povećana slanost uništavaju koraljne grebene, morske trave i druga staništa za ptice i ribe. Kako se obalne močvare ispunjavaju za smještaj rastuće ljudske populacije, zacjenjivanje rijeka smanjuje protok slatke vode, usporava otjecanje hranjivih tvari i sprečava migraciju riba. Manje slatke vode znači povećanu slanost u močvarama i ušću, što šteti travama koje pročišćavaju vodu dok teče u more. Erozija uzrokovana krčenjem šuma šalje mulj u rijeke, potoke i na kraju u ocean blokirajući sunčevu svjetlost potrebnu za preživljavanje koraljnih grebena.
Pretjerani ribolov
Ribolovni biolozi izračunavaju maksimalni održivi prinos kako bi procijenili količinu ribe koja se može uloviti od populacije bez rizika za njezinu dugoročnu održivost. Između 1974. i 1999. godine udio ribolova koji je premašio maksimalni održivi prinos bakalara utrostručio se, s 10 na 30 posto. Prema Centru za oceanska rješenja, ukupni ulov od početka 1990-ih jedan je od najvećih na svijetu produktivni ribolov, Ohotsko more, smanjio se dva i dva i pol puta zbog pretjerani ribolov. U Tihom oceanu više od polovice otočnih država ne upravlja održivo svojim koraljnim grebenima.
Morsko dno
Koristeći praksu poznatu kao dno koćanje, komercijalna ribarska plovila vuku velike mreže pričvršćene za teške utege preko morskog dna. Ciljane vrste uključuju škampe, bakalar, morski list i iverku, ali sve je uz morsko dno zarobljeno. Donjim koćama morski ekosustav može ostati trajno oštećen, a prilov (neciljane vrste poput morskih kornjača, morskih ptica i sisavaca) jednostavno se baca u more. Prilov može iznositi 90% ukupnog ulova, a često se ubijaju ugrožene ribe i dubokomorski koralji.
Zakiseljavanje
Kako se klima zagrijava, ocean apsorbira više ugljičnog dioksida, što ga čini kiselijim. Povećana kiselost inhibira sposobnost morskih organizama da razvijaju školjke, a to uključuje i sitne životinje zvane plankton koje čine osnovu oceanske prehrambene mreže. Neki istraživači sugeriraju da će to također uzrokovati da neke morske vrste emitiraju manje sumpornih spojeva koji potiču stvaranje oblaka, što hladi Zemlju. Klimatski modeli predviđaju da će to uzrokovati dodatno zagrijavanje za 0,5 stupnjeva Celzija (0,28 stupnjeva Fahrenheita) tijekom ovog stoljeća.