Smješten djelomično unutar sjevernih Anda, s obalama Tihog oceana i Karipskog mora, Jedinstvena geografija Kolumbije stvara pet vrlo prepoznatljivih ekosustava unutar njezinih granica: alpsku tundru ili paramo; prašuma; visokogorske oblačne šume; obalna područja; i ravnice - ili los llanos. Budući da je Kolumbija toliko blizu ekvatora, ne prolazi kroz značajne sezonske varijacije.
Paramos
Paramosi su tropski ekosustavi na velikim nadmorskim visinama koje znanstvena zajednica tek počinje shvaćati. Istraživanja su pokazala da ti jedinstveni ekosustavi generiraju nove vrste brže od bilo kojeg drugog ekosustava na Zemlji. Kolumbijski paramos dom je za 68 vrsta frailejones, cvjetnica koje hvataju vodu iz maglice koja prolazi. Zajedno s lišajevima i mahovinom ekosustava, frailejoni filtriraju i reguliraju vodu koja na kraju prelazi u niža uzvišenja Kolumbije. Kolumbijski paramos također je dom za oko 5000 drugih jedinstvenih biljnih vrsta.
Oblačne šume
Tik ispod paramosa u uzvišenju nalaze se oblačne šume Kolumbije. Te su šume uključene u nacionalni park Las Orquídeas, nazvan po više od 200 vrsta orhideja koje se tamo nalaze. Oblačne šume sadrže i mnoge druge vrste porijeklom iz Kolumbije, uključujući vrste jaguara, puma, majmuna, jelena, ptica, šišmiša i insekata. U oblačnim šumama dom je i ugroženi medvjed naočala. Znanstvenici vjeruju da klimatske promjene mogu utjecati na medvjeđe omiljene biljke koje jedu - prisiljavajući ih da teže i dalje traže hranu i možda ih stavljajući u konkurenciju drugim vrstama.
Amazonska prašuma
Otprilike trećinu Kolumbije pokriva Amazon; kao i ostatak najveće kišne šume na svijetu, ovo je područje dom brojnim jedinstvenim vrstama. 2013. istraživači su otkrili otkriće dviju novih vrsta u kolumbijskoj Amazoniji: Cercosaura hypnoides i Callicebus caquetensis. Cercosaura hypnoides mali je crni gušter za kojeg se smatra da je ugrožen, a Callicebus caquetensis jedna je od 20-ak vrsta majmuna titi koji žive u Amazoniji. Kad su ti majmuni bebe, svoje zadovoljstvo i naklonost pokazuju mukanjem, poput mačića.
Obalne regije
Smještene na granicama vodenih i kopnenih ekosustava, obalne regije Kolumbije dom su uglavnom šuma mangrova. Zbog velikog volumena organske tvari koja se raspada, ti su obalni ekosustavi dom velikom broju riba. Šume mangrova sadrže brojne vrste mangrova, kao i rastuću populaciju morskih školjki i mekušaca; lokalne zajednice često beru školjke poznate kao piangua hembra. Brojni sisavci naseljavaju ove šume mangrova, uključujući tigrove mačke, nutrije i divlje svinje poznate kao "tatabro".
Los Llanos (ravnice)
Travnjaci, ili Los Llanos, nalaze se prvenstveno oko sliva rijeke Orinoco, smještenog između Kolumbije i Venezuele. Sama rijeka dom je domaćeg i ugroženog krokodila Orinoco, za kojeg je poznato da doseže 23 metra duljine. Orinočka kornjača, divovska vidra, divovski armadilo i orao crno-kesten ostale su ugrožene vrste Los Llanosa. Ravnice također ugošćuju brojne ptice selice, poput žutih nogu i nekoliko vrsta pješčara.