Iako prirodne sile mogu uništiti ili naprezati životinjsku populaciju, sve su više aktivnosti čovjeka dovele do toga da velik broj životinja postane ugrožen. Doduše, neke su životinje i biljke, posebno pripitomljene poput usjeva, stoke i kućnih ljubimaca, imale koristi, pa čak i cvjetale od promjena koje je čovjek napravio u svijetu. Međutim, neke populacije životinja bile su pod velikim pritiskom kao rezultat tih promjena, a u nekim slučajevima populacije padaju na znatno niže razine. Male populacije ili organizmi s ograničenom rasprostranjenošću izuzetno su osjetljivi na čimbenike koji uzrokuju ugroženosti, bilo da se oslanja na uobičajeni smisao riječi ili definiciju ugrožene vrste utjelovljenu u savezni zakon.
Gubitak staništa
Jedan od najznačajnijih uzroka ugroženih životinja je gubitak staništa. Iako se stanište može izgubiti prirodnim silama (klimatski pomaci, geološke promjene), velik dio danas izgubljenog staništa posljedica je ljudske aktivnosti. Izgradnja brana, autocesta, kanala, urbanizacija i poljoprivreda dramatično utječu na stanovnike izvornih ekosustava. Čak i kada dijelovi ekosustava ostaju netaknuti stvarajući "otoke", rezultirajuće stanište može biti premalo ili preširoko raspršeno da podrži neku vrstu.
Invazivne vrste
Invazivne vrste jedan su od ključnih biotičkih razloga ugroženosti životinja. Mnoge vrste koje stižu u novi ekosustav loše su prilagođene i brzo odumiru. Međutim, neke vrste mogu iskoristiti ekosustav na štetu domaćih organizama. Mali ekosustavi poput onih na otocima značajno su pogođeni unošenjem invazivnih vrsta, ali čak i domaće kontinentalne i oceanske populacije mogu biti uništene putem natjecanja ili grabežljivosti osvajač.
Prekomjerno iskorištavanje resursa
Pretjerani ulov određene vrste ribe očit je i izravan uzrok da životinja postane ugrožena. Ali drugim organizmima unutar ekosustava također može naštetiti (ili od toga koristiti) pretjerano iskorištavanje određene vrste. Na primjer, dovela je zabrinutost da je kalifornijska vidra uništavala populaciju ušiju neselektivno ubijanje morskih vidra, mijenjajući ravnotežu biotskog natjecanja između nekoliko vrsta organizmi. Smanjenje morskih vidri dovelo je do eksplozije u populaciji morskih ježeva koji su pasli na zadrškama morskih algi. Kako su se alge oslobodile dna i isprale na obalu, organizmi koji su ovisili o šumama algi bili su pod povećanim naporom.
Patogeni i bolest
Širenje udomaćenih životinja također je proširilo bolesti povezane s njima na nova područja svijeta. U nekim su slučajevima bolesti zarazile domaće populacije koje su imale mali otpor prema napadaču. Te bolesti mogu doseći razinu epidemije u domaćem stanovništvu, desetkujući njihov broj.
Zagađenje okoliša
Zagađenje u mnogim oblicima ugrozilo je mnoge životinje. Pesticidi i druge kemikalije unesene u ekosustav mogu značajno naštetiti neciljanim vrstama. Na primjer, DDT koji se koristi za borbu protiv komaraca na kraju je povezan sa smanjenjem stope reprodukcije ptica. Drugi oblici zagađenja, poput toplinskog, svjetlosnog i bučnog, mogu smanjiti stopu preživljavanja lokalnih populacija životinja.