Kambodža ima treću najvišu stopu krčenja šuma na svijetu, motivirana sječom drva, kao i sječom za poljoprivredu. Krčenje šuma uništava staništa i narušava ravnotežu osjetljivih tropskih tla. Bez drveća koje drže tlo na mjestu i nadoknađuje organsku tvar leglom, tlo brzo nagriza i gubi velik dio svoje plodnosti u prvih nekoliko godina uzgoja.
Obalni ekosustavi Kambodže, od kojih su mnogi šume mangrova koje pružaju važno mrijestilište riba i zaštitu od poplava, ugroženi su od nekoliko čimbenika. Obalni ekosustavi guše se sedimentom ispranim iz nedavno pošumljenih područja u unutrašnjosti. Te vode također sadrže opasne pesticide i gnojiva. Loše regulirane farme škampa uzrokuju čišćenje mangrova i ispuštanje viška hranjivih tvari u vodu, što rezultira prekomjernim rastom algi i poremećajem ekosustava.
Kako se Kambodža industrijalizira, ljudi hrle u urbana područja koja rastu prebrzo da bi sanitarna infrastruktura to mogla pratiti. Mnoga područja nemaju kanalizacijske sustave ili su u najboljem slučaju nefunkcionalna. Kanalizacija i industrijski otpadni otpad zagađuju podzemne i površinske vode u mnogim urbanim područjima. Opasni kruti otpad često pronalazi put do otvaranja odlagališta otpada gdje može iscuriti u podzemne vode ili ga vjetar otpuhati.