शंकुधारी पेड़ों में दो प्रकार के शंकु होते हैं: पराग शंकु और बीज शंकु। कुछ कोनिफर्स में एक ही पेड़ पर दोनों प्रकार के शंकु होते हैं, जिससे पेड़ के लिए खुद को परागित करना संभव हो जाता है। क्रॉस परागण तब होता है जब एक पेड़ केवल बीज शंकु पैदा करता है और इसलिए पराग को पास के अन्य पेड़ों पर स्थित पराग शंकुओं से बीज शंकु में बहकर निषेचित किया जाना चाहिए।
पराग शंकु विशेष रूप से बीज शंकु से छोटे और चौड़े होते हैं। बीज शंकु को निषेचित करने के लिए शंकु के भीतर पराग जारी होने के बाद पराग शंकु मर जाते हैं और मर जाते हैं। अपने निष्क्रिय चरण में, एक शंकुधारी कली नर, मादा या वनस्पति हो सकती है। इस स्तर पर कलियों के प्रकारों में अंतर केवल विच्छेदन द्वारा ही संभव है। एक सुराग जो पराग शंकु की पहचान में मदद कर सकता है वह है इसका स्थान। बीज के परागण के बाद बीज शंकु पेड़ में ऊपर की ओर विकसित हो जाते हैं ताकि फैलाव में सहायता मिल सके।
बीज शंकु आमतौर पर पेड़ के प्रकार की पहचान करने के लिए उपयोग किए जाते हैं क्योंकि वे लंबे समय तक पेड़ पर या नीचे रहते हैं। पतले बीज शंकु की कलियाँ चार से छह सप्ताह तक सूज जाती हैं जब तक कि लाल या हरे रंग की इत्तला दे दी गई अंडाकार शल्क उभरने न लगें। बीज विकास और संकेत शंकु परिपक्वता शुरू करने के लिए पराग शंकु से पराग को स्वीकार करने के बाद तराजू शंकु आधार से सीधे मोड़ते हैं और फिर नीचे की ओर झुकते हैं।
कुछ कोनिफर्स में न तो पराग होता है और न ही बीज शंकु। इसके बजाय, पेड़ फल पैदा करता है जो आंशिक रूप से बीज को ढकता है। कैनेडियन यू एक एरिल-उत्पादक शंकुवृक्ष का एक उदाहरण है जिसमें पेड़ के बीज रखने के लिए एक मांसल आवरण होता है। जानवरों और पक्षियों के शिकारियों के कारण अतिरिक्त बीज हानि को रोकने के लिए, जो इन पर भोजन करना चाहते हैं यू का फल, इस पेड़ ने खुद को इस तरह ढाल लिया है कि इसके फल जहरीले होते हैं और बीज रह जाते हैं अबाधित।
शंकुधारी कॉनिफ़र, या पिनोफाइटा, को जिम्नोस्पर्म (नग्न बीज) के रूप में वर्गीकृत किया जाता है क्योंकि उनके बीजांड और बीज अंडाशय के भीतर संलग्न नहीं होते हैं या सुरक्षात्मक फलों के आवरण के भीतर पाए जाते हैं। यदि एक शंकुवृक्ष में पराग और बीज शंकु दोनों एक ही पेड़ पर होते हैं, तो इसे आगे द्विगुणित स्पोरोफाइट के रूप में वर्गीकृत किया जाता है। परागण के बाद एक बार बीज बनने के बाद, शंकु के तराजू पानी, हवा और मनुष्य और जानवरों की गति से फैलाव के लिए बीज को मुक्त करने के लिए खुलते हैं।
