फूलों के पौधों में, मादा प्रजनन संरचनाएं जो बीज पैदा करती हैं, फूल के कार्पेल के भीतर समाहित होती हैं। एक कार्पल में कलंक, शैली और अंडाशय होते हैं। अंडाशय में अंडाणु (अंडे) होते हैं जो निषेचित होने के बाद बीज बन जाते हैं।
बीज तब बनते हैं जब पराग में निहित नर युग्मक परागण नामक प्रक्रिया के माध्यम से मादा युग्मक (अंडाकार) के संपर्क में आते हैं। एक फूल के परागकोष से दूसरे फूल के वर्तिकाग्र तक पराग को स्थानांतरित करने के लिए कई पौधे परागण करने वाले जंतुओं जैसे मधुमक्खियों या तितलियों पर निर्भर होते हैं। वर्तिकाग्र से, पराग नलिका जैसी संरचना से नीचे की ओर जाता है जिसे शैली कहा जाता है अंडाशय में जहां बीजांड का निषेचन होता है। एक बार निषेचित होने के बाद, बीजांड बीज में विकसित होते हैं।
एंजियोस्पर्म बीज वाले पौधों का सबसे बड़ा और सबसे आम समूह है। एंजियोस्पर्म संवहनी पौधे हैं जो फूल और फल दोनों पैदा करते हैं। एंजियोस्पर्म का फल बीज को घेरता है, बढ़ते भ्रूण को पोषण और सुरक्षा प्रदान करता है। एंजियोस्पर्म के उदाहरणों में मक्का, गेहूं, गुलाब और सेब के पेड़ शामिल हैं।
जिम्नोस्पर्म संवहनी पौधे हैं जो "नग्न" बीज धारण करते हैं - अर्थात, बीज फल में संलग्न नहीं होते हैं। जिम्नोस्पर्मों का सबसे प्रसिद्ध समूह शंकुधारी हैं (जैसे कि देवदार के पेड़ और देवदार के पेड़।) शंकुधारी बीज फूलों के बजाय शंकु के भीतर निहित होते हैं।