अपनी जैव विविधता के लिए जाना जाने वाला मलेशिया 15,000 फूलों के पौधों का घर है। हालांकि, देश के वनस्पति और जीव गंभीर खतरे में हैं और मूल विकास में 70 प्रतिशत की कमी का अनुभव किया है। प्रकृति के संरक्षण के लिए अंतर्राष्ट्रीय संघ (आईयूसीएन) की लाल सूची के अनुसार, मलेशिया में २००७ तक ६८६ लुप्तप्राय पौधों की प्रजातियां हैं। मलेशियाई कानून पक्षियों, स्तनधारियों और कीड़ों की रक्षा करते हैं। वनस्पति और जीव केवल तभी संरक्षित होते हैं जब वे राष्ट्रीय उद्यान या रिजर्व के भीतर उगते हैं।
वर्ल्डवाइड वाइल्डलाइफ फंड के अनुसार, मलेशिया में मुख्य वन प्रकार जियाम कंचिंग या दुर्लभ डिप्टरोकार्प वन, मैंग्रोव वन, पीट दलदली वन और मोंटाने एरिकसियस वन हैं। डिप्टरोकार्प का पेड़, जो दो पंखों वाले बीजों के फल के लिए जाना जाता है, समुद्र तल से लगभग 900 मीटर की ऊँचाई तक की भूमि पर उगता है। तराई के डिप्टरोकार्प वन, जो समुद्र तल से 300 मीटर ऊपर पाए जाते हैं, कृषि और अन्य भूमि-गहन गतिविधियों के कारण नष्ट हो गए हैं। जबकि डिप्टरोकार्प पेड़ों की एक जेब कंचिंग फॉरेस्ट रिजर्व में संरक्षित है, इस प्रजाति को गंभीर रूप से लुप्तप्राय माना जाता है - विलुप्त होने के कगार पर - लाल सूची में।
यह मांसाहारी उष्णकटिबंधीय पौधा बोर्नियो में माउंट ट्रस मैडी पर 2,000 से 2,600 मीटर की ऊंचाई पर केवल काई के जंगलों में उगता है। नेपेंथेस मैक्रोफिला में घड़े के आकार के पत्ते होते हैं जो दस मीटर लंबी लताओं से लटकते हैं। आसियान रिव्यू ऑफ बायोडायवर्सिटी एंड एनवायर्नमेंटल कंजर्वेशन के अनुसार, कीड़े फूल के मोमी शीर्ष से फूल के निचले हिस्से में ग्रंथियों द्वारा स्रावित एसिड के एक पूल में स्लाइड करते हैं। IUCN की रेड लिस्ट ने नेपेंथेस मैक्रोफिला को गंभीर रूप से संकटग्रस्त के रूप में वर्गीकृत किया है।
रेड लिस्ट पर गंभीर रूप से लुप्तप्राय माना जाता है, टैक्सिटेलिएला रिचर्ड्सि सेमाटोफिलेसी परिवार में एक काई है और मलेशिया के मूल निवासी है। एकमात्र ज्ञात क्षेत्र (10 किमी से कम) जहां काई पाया गया है, उत्तर-पश्चिम बोर्नियो पर एक मलेशियाई राज्य सरवाक में है। टैक्सिटेलिएला रिचर्ड्सि उपोष्णकटिबंधीय जंगलों में लकड़ी की लताओं और सड़े हुए लॉग पर उगता है, एक आवास जो लकड़ी की कटाई और लॉगिंग के कारण गायब हो रहा है।