जलीय पौधे मुख्य रूप से पानी में उगते हैं। वे प्रकार में बहुत भिन्न होते हैं, कुछ सामान्य भूमि पौधों के समान होते हैं जबकि अन्य काफी भिन्न होते हैं। जलीय पौधे चार सामान्य वर्ग प्रकारों में से एक में आते हैं: शैवाल, तैरते पौधे, जलमग्न पौधे और उभरे हुए पौधे। समूहीकरण उनकी जड़ों और पत्तियों की स्थिति पर आधारित होता है।
शैवाल जलीय पौधे का सबसे पुराना और सबसे आम प्रकार है। वे मुख्य रूप से समुद्र में पाए जाते हैं और उनकी कोई जड़, तना या पत्तियां नहीं होती हैं। शैवाल अत्यंत छोटे होते हैं लेकिन वे समुद्री खाद्य श्रृंखला का आधार होते हैं। शैवाल के उदाहरणों में लिंगब्या और कस्तूरी घास शामिल हैं।
तैरते हुए पौधे पानी के तल से नहीं जुड़े होते हैं, लेकिन उनकी जड़ें होती हैं जो पानी को सोख लेती हैं। तैरते हुए पौधे ताजे या खारे पानी में पाए जा सकते हैं। इन पौधों की पत्तियाँ दृढ़ होती हैं और अधिक धूप को अवशोषित करने के लिए चपटी रहती हैं। तैरते हुए पौधों के सामान्य उदाहरणों में विभिन्न प्रकार के लिली (जैसे पानी लिली या केला लिली) और जल जलकुंभी शामिल हैं।
जलमग्न या डूबे हुए पौधे पानी के तल पर जड़े होते हैं और उनकी अधिकांश वनस्पति पानी के नीचे होती है। इन पौधों की पत्तियाँ पतली और संकरी होती हैं। जलमग्न पौधों के उदाहरणों में हाइड्रिलस और बोग मॉस शामिल हैं।
उभरे हुए पौधे (जिन्हें एमर्सड भी कहा जाता है) पानी की जमीन पर जड़े होते हैं, लेकिन उनकी अधिकांश वनस्पति पानी के ऊपर होती है। इन पौधों को सूर्य के प्रकाश के निरंतर संपर्क की आवश्यकता होती है। उभरे हुए पौधों के उदाहरणों में नॉटवीड और रेडरूट शामिल हैं।