रोगजनक सूक्ष्मजीव होते हैं जो अपने मेजबानों में बीमारी का कारण बनते हैं। जबकि पौधों को आमतौर पर मिट्टी से होने वाले रोगजनक कवक से मिट्टी से होने वाले जीवाणु रोगों से अधिक डर लगता है, मिट्टी में रहने वाले विभिन्न रोगजनक बैक्टीरिया पौधों में भी बीमारी का कारण बनते हैं। उन सभी को सूचीबद्ध करने के लिए मिट्टी के पौधों के रोगजनकों की बहुत सारी प्रजातियां हैं, लेकिन निम्नलिखित कुछ सबसे महत्वपूर्ण या सामान्य हैं। मिट्टी में बैक्टीरिया की कुछ प्रजातियां इंसानों के लिए भी खतरनाक या घातक साबित हो सकती हैं।
क्लोस्ट्रीडियम बोटुलिनम
सी। बोटुलिनम एक ग्राम-पॉजिटिव जीवाणु है (यानी एक जीवाणु जो ग्राम धुंधला परीक्षण पर सकारात्मक परीक्षण करता है) जो कठोर, टिकाऊ बीजाणु बनाता है। जब बीजाणुओं को सही परिस्थितियाँ मिल जाती हैं, तो वे अंकुरित होकर बढ़ने लगते हैं। वे बोटुलिनम टॉक्सिन नामक एक घातक प्रोटीन का उत्पादन कर सकते हैं, जो एसिटाइलकोलाइन नामक एक प्रमुख न्यूरोट्रांसमीटर की रिहाई को अवरुद्ध करने के लिए मनुष्यों और अन्य स्तनधारियों में तंत्रिका तंत्र पर कार्य करता है। सी। बोटुलिनम बीजाणु दुनिया भर के कई क्षेत्रों में मिट्टी और पानी में पाए जाते हैं। वे अवायवीय हैं और केवल ऑक्सीजन की अनुपस्थिति में बढ़ते हैं; अम्लीय स्थितियां उनके विकास को रोकती हैं। हालांकि सी. बोटुलिनम कभी-कभी खाद्य जनित बीमारी के घातक मामलों का कारण बनता है, जिसे बोटुलिज़्म कहा जाता है, जो कि बोटुलिज़्म द्वारा उत्पादित शक्तिशाली विष है। विभिन्न चिकित्सा या कॉस्मेटिक के हिस्से के रूप में बैक्टीरिया मनुष्यों में मांसपेशियों के ऊतकों को पंगु बनाने के लिए भी उपयोगी हो गया है प्रक्रियाएं। जब एक चिकित्सीय एजेंट के रूप में उपयोग किया जाता है, तो बोटुलिनम विष को इसके व्यापार नाम, बोटॉक्स से जाना जाता है।
इरविनिया कैरोटोवोरा
इ। कैरोटोवोरा एक अत्यधिक विनाशकारी रोगज़नक़ है जो आलू और अधिकांश अन्य मांसल सब्जियों सहित पौधों की एक विस्तृत श्रृंखला में रोग का कारण बनता है। यह ग्राम-नकारात्मक, छड़ के आकार का जीवाणु खेत में या भंडारण के दौरान फसलों पर आक्रमण कर सकता है। उप-प्रजाति ई। कैरोटोवोरा कैरोटोवोरा मिट्टी और सतही जल में अच्छी तरह से जीवित रहता है; यह कई अन्य गैर-होस्ट फसल या यहां तक कि खरपतवार प्रजातियों के मूल क्षेत्रों में विकसित हो सकता है, जब अवसर प्रदान करता है तो आलू या अन्य कमजोर फसलों पर हमला कर सकता है। आलू के आम रोग ई. कैरोटोवोरा में ब्लैकलेग, एरियल स्टेम रोट और कंद सॉफ्ट रोट शामिल हैं।
स्ट्रेप्टोमाइसेस स्केबीज
स्ट्रेप्टोमाइसेस स्केबीज ग्राम-पॉजिटिव बैक्टीरिया होते हैं जो दो अन्य स्ट्रेप्टोमाइसेस प्रजातियों (एस। एसिडिस्कैबीज और एस. टर्गिडिस्कैबीज) आलू और अन्य मूल फसलों जैसे बीट, मूली, शलजम, गाजर और पार्सनिप को संक्रमित कर सकते हैं। यह असामान्य है कि जैसे-जैसे यह बढ़ता है, कोशिकाएं कवक द्वारा गठित तंतुओं के समान होती हैं - यद्यपि बहुत छोटी होती हैं। फिलामेंट्स ऑफ एस. खुजली फिर बीजाणु बनाने के लिए टूट सकती है। बैक्टीरिया युवा, ताजे ऊतकों पर आक्रमण करके और घावों या प्राकृतिक छिद्रों के माध्यम से पुराने ऊतकों में प्रवेश करके फैलते हैं।
ज़ैंथोमोनास
ज़ैंथोमोनास एक जीनस है जिसमें कई महत्वपूर्ण पौधे रोगजनक शामिल हैं। हालांकि वे मिट्टी में बहुत लंबे समय तक नहीं रहते हैं, कुछ प्रजातियां सर्दियों में मिट्टी में जीवित रह सकती हैं और वसंत ऋतु में एक नई फसल को संक्रमित कर सकती हैं। अन्य सभी प्रोटियोबैक्टीरिया की तरह, वे ग्राम-नकारात्मक हैं। प्रजाति एक्स। कैंपेस्ट्रिस पौधों की एक विस्तृत विविधता में काला सड़ांध का कारण बनता है और शायद जीनस का सबसे महत्वपूर्ण सदस्य है। विडंबना यह है कि एक ही जीवाणु को व्यावसायिक रूप से ज़ैंथन गम बनाने के लिए उगाया जाता है, जो एक सामान्य खाद्य योज्य है।