Les bactéries hétérotrophes neutrophiles et acidophiles constituent la majorité des espèces de bactéries. Les termes "neutrophilique" et "acidophile" font référence au niveau optimal de pH des espèces bactériennes - une mesure de l'acidité ou de la basicité d'une substance. Par exemple, le vinaigre est aussi acide et le bicarbonate de soude comme base. L'échelle de pH va de 0 à 14, avec 7, le pH de l'eau pure, juste au milieu.
Hétérotrophes neutrophiles
La majorité des bactéries, les neutrophiles, vivent dans le sol ou l'eau et se développent mieux à un pH neutre entre 6 et 8. Si le pH varie trop en dehors de cette plage, les bactéries neutrophiles ne peuvent pas survivre. La plupart des bactéries qui causent des maladies chez l'homme sont également des hétérotrophes neutrophiles, bien adaptées pour survivre à l'intérieur d'un corps humain.
Hétérotrophes acidophiles
Les bactéries acidophiles se développent mieux à des niveaux de pH inférieurs, généralement inférieurs à 6, car elles possèdent des mécanismes biologiques qui leur permettent de maintenir leur pH interne proche de la neutralité. Le drainage minier acide - le ruissellement contaminé et hautement acide des zones minières - contient une population élevée d'acidophiles qui oxydent le sulfure trouvé dans les minerais métalliques. Selon le Science Education Resource Centre du Carleton College, le ferroplasma acidophile trouvé dans le drainage minier acide présentait des niveaux de pH aussi bas que zéro.
Hétérotrophes obligatoirement acidophiles
Les acidophiles obligés ont besoin d'un pH bas, inférieur à 4 ou 5, pour survivre. La membrane cellulaire des acidophiles obligatoires se dissout en fait à des niveaux de pH neutres, provoquant la mort cellulaire. De nombreux acidophiles obligatoires sont également thermophiles - des organismes qui poussent mieux à des températures élevées - et que l'on trouve couramment dans les sols volcaniques. Thiobacillus ferrooxidans est probablement la bactérie acidophile oxydant le fer la plus souvent étudiée.