L'un des moyens classiques de déterminer la concentration de microbes dans un échantillon consiste à diluer l'échantillon, à faire croître les microbes sur des plaques et à compter les colonies. Les microbes plaqués se développent à partir d'une unité formant colonie constituée d'une ou plusieurs cellules en une colonie visible qui peut être vue et comptée. Les bactéries sont le microbe le plus courant à évaluer à l'aide de la numération sur plaque. Les comptages de colonies sont utilisés pour détecter et compter les microbes dans le sol, l'eau et les aliments. Les protocoles de comptage des colonies mettent l'accent sur une approche précise et méthodique.
Dilution des échantillons, placage et incubation
Si vous étalez simplement un échantillon de microbe sur une plaque de gélose, vous verrez tellement d'unités formant des colonies que les colonies individuelles se mélangeront, les rendant impossibles à compter. Pour résoudre ce problème, mélangez l'échantillon dans un milieu liquide, prélevez une petite quantité de ce mélange et diluez-le davantage. Répétez ce processus six à dix fois. Étalez la dilution finale sur une plaque de gélose et incubez-la pendant quatre à sept jours avant de compter les colonies.
Comptage manuel
La principale astuce pour compter les colonies est de compter chaque point de colonie une fois. Une approche consiste à placer la boîte de Pétri sur un fond de grille et à compter les colonies dans chaque cellule de la grille, en se déplaçant de manière méthodique à travers toutes les cellules. Le marquage des colonies comptées au dos de la boîte de Pétri peut également être une approche utile. Généralement, vous devrez compter au moins trois assiettes; n'utilisez que des plaques contenant 30 à 300 colonies pour faire des inférences solides, suggère le Microbiology Network, une entreprise qui fournit des services de conseil aux laboratoires et aux fabricants. Les plaques avec des colonies trop nombreuses pour être comptées ou avec trop peu de colonies doivent être replaquées à partir d'une nouvelle dilution.
Comptage automatisé
L'erreur humaine augmente le temps nécessaire pour compter les colonies manuellement. Pour améliorer à la fois la précision et l'efficacité, placez la boîte de Pétri dans un dispositif de comptage de colonies automatisé. Les compteurs de colonies automatisés prennent une image de la boîte, séparent les colonies de l'arrière-plan, puis utilisent un algorithme pour compter les colonies sur la plaque. Les algorithmes peuvent avoir des difficultés à différencier les colonies lorsque deux colonies ou plus se touchent sur les bords, il s'agit donc d'un domaine de développement logiciel en cours.
Rendre le comptage plus compliqué
La précision du calcul de la densité microbienne à partir du dénombrement des colonies présente certaines limites. Les unités formant des colonies peuvent être une seule cellule, une chaîne de cellules ou un amas entier de cellules. L'hypothèse est qu'une colonie représente une cellule, de sorte que les concentrations calculées à partir du nombre de colonies peuvent être faibles. Différents microbes ont besoin de différentes conditions de croissance, et les colonies sur la plaque ne représentent que les microbes qui se développent sur ce milieu de croissance dans ces conditions d'incubation. De plus, le comptage des colonies n'enregistre pas les cellules mortes, une considération importante lorsque vous avez besoin de la concentration de cellules dans l'échantillon d'origine.