Geelielektroforeesissa DNA- tai proteiininäytteet erotetaan - tyypillisesti koon perusteella - käyttämällä sähkökenttää, joka saa ne kulkeutumaan geelin läpi. Geelielektroforeesin käyttö on rutiinia biolääketieteen tutkimuslaboratorioissa ja sitä käytetään vastaamaan erilaisiin kysymyksiin, joten ei ole oikeastaan universaalia tapaa analysoida tuloksia.
Eri tekniikat, kuten esimerkiksi Western-, Northern- ja Southern-blottaukset, sisältävät kaikki geelielektroforeesi.
Jos teet niin agaroosigeeli DNA-näytteiden elektroforeesi, yleisin menettelytapa, sinun on yleensä tehtävä vähintään kaksi asiaa: 1) erotettava leikkaamaton plasmidit insertteistä, nikkelöidyt plasmidit ja leikatut plasmidit ja 2) arvioi eri DNA-fragmenttien koko standardikäyrällä Excel tai laskin.
Tarkista laboratorion muistikirjasta, mitkä näytteet ladattiin mihin kaistoihin. Kun lataat kuoppia geeliäsi varten, sinun on pitänyt merkitä kunkin kaistan / näytteen identiteetti.
Mittaa viivaimen avulla kuvan etäisyys kaivoista seurantaväriin, mikä tulee ovat kulkeneet pidemmälle kuin mikään DNA - kaista (toisin sanoen se on DNA: n alaosassa geeli). Tallenna tämä numero - käyttämäsi yksiköt eivät ole tärkeitä.
Mittaa kuvan etäisyys kaivoista kuhunkin "tikkaiden" nauhaan ja jaa sitten tämä etäisyys jäljitysväri yhtye. Tämä laskelma antaa sinulle kunkin kaistan suhteellisen liikkuvuuden.
Esimerkki: Oletetaan, että jäljitysvärinauha kulki 6 tuumaa ja meillä on kolme nauhaa, jotka kulki 5, 4,5 ja 3,5 tuumaa.
Mikä on heidän suhteellinen liikkuvuutensa? Vastaus: Jaamme 5, 4,5 ja 3,5 kuudella saadaksemme suhteelliset liikkuvuudet 0,833, 0,75 ja 0,5833.
Valmistaja antaa sinulle toimitettavien tikkaiden jokaisen osan koon, joten sinulla pitäisi olla jo nämä tiedot.
Sovita yhtälö tietoihin taulukkolaskentaohjelmasi Trendline-funktion avulla. Tämän yhtälön tulisi olla tehoyhtälö (esim. X ^ -2) ja sen tulisi sopia dataan suhteellisen hyvin (R-kerroin vähintään 0,9). Tämä luo käyrän ja vakiokäyrän Excel.
Muista, että pienemmät DNA-fragmentit kulkevat kauemmas geelin läpi kuin suuret DNA-fragmentit, joten seurantaväriainetta lähinnä olevat ovat pienimmät. Huomaa kuitenkin, että jos plasmidi (pyöreä) DNA on leikkaamaton, se "kiertyy" tai kiertyy kuten puhelinjohto, mikä todella saa sen kulkemaan kauemmas kuin saman kokoinen lineaarinen DNA.
Samoin "lommittu" plasmidi, joka on leikattu epätäydellisesti, kulkee a lyhyempi etäisyys kuin saman kokoinen lineaarinen DNA. Näin ollen et voi arvioida leikkaamattomien plasmidien kokoa geelistäsi.
Yhdistä jokaisen kaistan nauhat kaistalle ladatun näytteen identiteettiin ja selvitä, onko näkemäsi sitä, mitä olisit odottanut. Tämä riippuu kokeesi luonteesta.
Yleensä kuitenkin, jos sulatit inserttiplasmidin kahdella restriktioentsyymillä, oletat, että insertti vapautuu plasmidista.
Koska se on paljon pienempi kuin plasmidi, voit odottaa näkevänsi kaksi kaistaa siinä kaistassa, toinen lähellä yläosaa ja toinen alas lähellä pohjaa. Plasmidin, joka on leikattu vain yhdellä restriktioentsyymillä, tulisi muodostaa vain yksi vyöhyke, joka kulkee hieman kauemmas kuin plasmidi, joka on leikattu kahdella restriktioentsyymit, mutta ei läheskään niin pitkälle kuin insertti.
Mittaa etäisyys kuopista leikattuun plasmidiin ja aseta nauhat viivaimesi kanssa. Jaa nämä luvut jäljitysvärin kulkemalla etäisyydellä inserttien ja leikattujen plasmidien suhteellisen liikkuvuuden löytämiseksi.