Taksonomistit luokittelevat kaiken maapallon elämän yhteen viidestä valtakunnasta. Neljän ensimmäisen valtakunnan, Animalian, Plantaen, Sienien ja Protistan, jäsenet ovat kaikki eukaryoottisia organismeja. Tämä tarkoittaa, että organismin soluilla, jotka voivat olla yksisoluisia tai monisoluisia, on kaikkien niiden geneettinen materiaali ytimessä. Viides valtakunta, Monera, sisältää kaikki yksisoluiset organismit, joilla ei ole todellista ydintä. Moneran valtakunnan jäseniä kutsutaan yleisesti bakteereiksi.
Eubacteriophyta
Eubacteriophyta ovat todellisia gram-positiivisia bakteereja. Grampositiivinen tarkoittaa, että nämä bakteerit antaisivat positiivisen tuloksen Gram-tahrassa. Grampositiivisilla bakteereilla on korkeampi peptidoglykaanipitoisuus kuin gram-negatiivisilla bakteereilla, kun taas gram-negatiivisilla bakteereilla on korkeampi lipidipitoisuus. Tässä suojassa bakteerit voivat olla pallomaisia (kokki), sauvan muotoisia (bacillus) tai korkkiruuvin muotoisia (spirillum).
Cyanophyta
Tämä bakteerien alue sisältää organismeja, jotka tunnettiin aikoinaan sinilevinä. Nykyään ne luokitellaan yleensä syanobakteerit, koska ytimen puuttuminen osoittaa selvästi, että ne ovat läheisemmin sukua muihin bakteereihin kuin ne ovat leviin. Mutta kuten levät, sinilevät sisältävät klorofylliä ja kykenevät fotosynteesiin. Jotkut tutkijat spekuloivat, että syanobakteerit ovat korkeammissa fotosynteesivissä organismeissa, kuten levissä ja kasveissa, kloroplastien esiasteita.
Proteobakteerit
Moneran valtakunnan monimuotoisin proteobakteeri sisältää typpeä sitovia bakteereja, jotka tekevät ilmasta peräisin olevan typen kasvien ja eläinten saataville. Ilman heitä sellaista elämää, jota tiedämme, ei voisi olla. Proteobakteereihin kuuluu myös tuttu E. coli- ja salmonellabakteerilajit, jotka tunnetaan hyvin mahdollisista ruokamyrkytysten aiheuttajista.
Spirokhetit
Näillä bakteereilla on kelattu muoto, kuten heidän nimensä osoittaa. Treponema pallidum, bakteeri tässä turvassa, aiheuttaa kuppa ihmisissä. Borrelia burgdorferi, toinen tämän ryhmän jäsen, aiheuttaa Lymen taudin. Kaikki spiroheetit eivät ole haitallisia isäntänsä. Jotkut heistä elävät termiittien ruoansulatuskanavassa, missä ne yhdessä muiden mikro-organismien kanssa edistävät termiitin kykyä sulattaa selluloosaa. Tämä on hyödyllistä, ainakin termiitille.
Luokitus
On syytä huomata, että organismien luokittelussa on erilaisia ajatuskouluja. Monerassa ei ole "virallista" taksonomiaa tiettyihin phyloihin. Todellakin, monet tutkijat tilaavat järjestelmän, joka poistaa kokonaan Moneran valtakunnan ja myös muut neljä valtakuntaa korvaamalla tämä järjestelmällä, jossa koko elämä on jaettu kolmeen verkkotunnukset. Kaksi näistä sisältäisi organismeja, jotka olivat aiemmin Moneran jäseniä, kun taas kaikki muu elämä olisi osa kolmatta aluetta.