Aloita tuntemattomien bakteerien tunnistaminen tarkkailemalla niiden fyysisiä ominaisuuksia, kuten soluseinä, muoto ja siteet. Käytä tavanomaisia laboratoriomenettelyjä, kuten soluvärjäystä, viljelyä ja DNA-sekvensointia, kaventamaan tunnistustasi edelleen. Bakteerit ryhmitellään yleensä lajeihin fysikaalisten ja aineenvaihduntaominaisuuksiensa eikä niiden geneettisten suhteiden perusteella toisiinsa.
Positiivinen tai negatiivinen
Eubakteerit ovat ns. Todellisia bakteereja. Ne eroavat arkeista tai arkkibakteereista, jotka muodostavat erillisen valtakunnan. Eubakteerit ovat prokaryooteja, mikä tarkoittaa, että niiltä puuttuu ydinkalvo. Useimmilla on solukalvot ja soluseinät. Bakteereita, joilla on paksut soluseinät, kutsutaan gram-positiivisiksi, koska ne ovat alttiita kuolemaan Gram-tahraksi kutsutun testin aikana. Gram-tahra on ensimmäinen testi bakteeriluokituksessa. Bakteerit, joilla on ohuet tai puuttuvat soluseinät, ovat gramnegatiivisia, koska ne eivät loukkaa Gram-väriainetta.
Bakteerien muokkaaminen
Pallomaisia bakteereja kutsutaan kokkeiksi, suoria sauvoja muodostavia bakteereja kutsutaan basilliksi ja välimuotoisia bakteereja kutsutaan kokkobasilleiksi. Nämä kaikki voivat olla gram-negatiivisia tai gram-positiivisia. Jäykät, spiraalin muotoiset bakteerit tunnetaan spirillana ja ovat vain gramnegatiivisia. Joustavia, itsenäisesti liikkuvia, spiraalinmuotoisia bakteereja kutsutaan spiroketeiksi ja ne ovat gramneutraaleja. Lopuksi jäykkiä pilkunmuotoisia sauvoja kutsutaan vibrioiksi ja ne ovat gramnegatiivisia. Muutamilla vähän tunnetuilla ja huonosti ymmärretyillä bakteereilla on erilainen muoto, kuten tähtimäinen tähtimerkki ja kirvesmuotoiset labryt. Bakteeriryhmiä on myös kaksi. Rickettsia on samanlainen kuin virukset, sillä on erilaisia muotoja, se on gram-negatiivinen ja voi selviytyä vain muiden solujen sisällä. Sieniä muistuttavasta mykoplasmasta puuttuu soluseinät ja se sisältää monia lajikohtaisia, keuhkokuumeita aiheuttavia keuhkopatogeeneja.
Kuutiot, klusterit ja muut linkit
Kokit ja basillit luokitellaan edelleen sidosten avulla, joita ne muodostavat solujen jakautumisen jälkeen. Diplokokit ja diplobasillit tarttuvat toisiinsa pareittain. Streptokokit ja streptobasillit muodostavat ketjuja. Tetrad-kokit pysyvät neljän bakteerin neliöinä. Sarcinae-kokit muodostavat kahdeksan bakteerikuution ja stafylokokit klustereita.
Bakteerin tunnistaminen
Jos sinulla on tuntematon bakteeri ja haluat tunnistaa sen, suoritat yleensä gramman värjäyksen ja tarkkailet sitten pesäkkeen ulkonäköä ja yksittäisiä ominaisuuksia. Siinä vaiheessa voit sanoa, että sinulla on esimerkiksi gram-negatiivisia, aerobisia streptobasillia. Sitten voit verrata näytettäsi tunnettuihin bakteereihin asettamalla sen eri viljelyalustoille kannustaa joidenkin lajien kasvua ja estää muita tai testaamalla näyte erilaisten tunnettujen bakteerien varalta sivutuotteet. Viimeisenä keinona DNA-sekvensointi voi määrittää, onko sinulla tunnettu tai tuntematon bakteerilaji tai -kanta, jos verrataan sitä lajiin tai kantaan, jonka genomi on jo sekvensoitu.