Tärkeimmät bakteerityypit luokiteltiin perinteisesti fysikaalisten ominaisuuksien tai reaktioiden perusteella erityyppisiin värjäyksiin. Molekyyligenetiikan tulo on mahdollistanut eri bakteeriryhmien huolellisemman jakautumisen. Monet tutkijat uskovat, että vanha bakteeriluokitus tulisi jakaa kahteen tai useampaan valtakuntaan.
Elävien olentojen korkein luokitus on valtakunnat. Bakteerit luokiteltiin aikoinaan yhteen Protista-nimiseen valtakuntaan, mutta monet tutkijat väittävät, että vanha valtakunta olisi jaettava kahteen valtakuntaan molekyyligeneettisten todisteiden perusteella. Uudet valtakunnat olisivat todellisia bakteereja, Eubacteria, ja muinaisia bakteereja, Archaebacteria, jotka selviävät nykyään äärimmäisissä ympäristöissä. Jotkut ehdottavat uutta filogeneettistä jakoa, joka tunnetaan nimellä domeenit tai superkingdomit, koska arkkibakteerit ovat niin erilliset, ne voitaisiin jakaa kolmeen omaan valtakuntaan: Crenarchaeota, termofiilinen bakteerit; Euryarchaeota, halofiiliset ja metanogeeniset bakteerit; ja Korarchaeota, löytyy kuumista lähteistä.
Muille bakteereille kuin Archaebacteria on viisi erillistä phylumia, seuraava haara filogeneettiseen puuhun. Proteobakteerit ovat symbioottisia kasvien kanssa ja auttavat niitä kiinnittämään typpeä ilmakehästä. Syanobakteerit tunnetaan sinivihreinä bakteereina. Eubakteerit ovat perinteisesti luokiteltuja grampositiivisia bakteereja, ja niillä on soluseinät, joilla on erilaiset kerrokset kuin muilla bakteereilla. Spirokeetit kasvavat kierteisissä pesäkkeissä. Klamydiat ovat solunsisäisiä loisia.
Bakteereja voidaan kuvata patogeenisiksi (tauteja aiheuttaviksi) tai ei-patogeenisiksi. Niitä voidaan kuvata myös gram-positiivisiksi tai gram-negatiivisiksi. Tämä viittaa siihen, absorboivatko ne väriainetta Gram-värjäyksellä. Grampositiivisilta bakteereilta puuttuu uloin solukalvo, ja peptidoglykaanit mahdollistavat niiden värjäämisen kristalliviolettilla. Gram-negatiivisilla bakteereilla on ulompi solukalvo, mutta niiltä puuttuu peptidoglykaaneja, mikä estää niiden värjäytymisen.