Western blotting on yksi yleisimmistä menettelyistä biokemiallisissa laboratorioissa. Pohjimmiltaan se erottaa proteiinit näytteestä koon mukaan ja testaa sitten vasta-aineita sen määrittämiseksi, onko tiettyä proteiinia läsnä. Se on hyödyllinen paitsi tutkimuksessa myös lääketieteellisissä tai diagnostisissa laboratorioissa; Esimerkiksi HIV- ja Lyme-taudin testit sisältävät entsyymiin liittyvän immunosorbenttitestin (ELISA) testin, jota seuraa Western blot, jos ELISA-testi on positiivinen. Länsi-blottauksella on kuitenkin suosiostaan huolimatta useita haittoja.
Ei määrällinen
Klassiset Western-blotit eivät ole kvantitatiivisia. Toisin sanoen, vaikka he voivat kertoa tutkijoille, onko tietty proteiini läsnä, ne eivät mahdollista kvantifioimaan, kuinka paljon proteiinista on läsnä. Jotkut biotekniikkayritykset myyvät nyt sarjoja, joiden avulla tutkijat tai laboratorioteknikot voivat mitata niiden määrän proteiinia läsnä käyttämällä standardikäyrää - mutta tämä toimii vain, jos puhtaat näytteet samasta proteiinista ovat saatavilla. Lisäksi proteiinin molekyylipaino voidaan arvioida vain Western-blottauksella sen sijaan, että määritettäisiin tarkalleen kuten massaspektrometrialla.
Vasta-aineet
Western blot voidaan suorittaa vain, jos mielenkiinnon kohteena olevan proteiinin vasta-aineita on saatavilla. Vaikka biotekniikkayrityksistä on saatavana vasta-aineita monille eri proteiineille, ne eivät ole halpoja; jos primaarisia vasta-aineita ei ole saatavana tietylle proteiinille, ei ole mahdollista suorittaa Western blot -tutkimusta kyseistä proteiinia varten. Lisäksi tutkijat saattavat haluta selvittää, onko proteiinia modifioitu jollakin tavalla - jos se on fosforyloitu (oli fosfaattiryhmä kiinnittynyt siihen) esimerkiksi - ja Western blot -tekniikalla he tarvitsevat modifioiduille spesifisiä vasta-aineita proteiinia.
Koulutus
Se voi olla haastavaa suorittaa Western blot oikein ja saada hyviä tuloksia, joten henkilökunnan on oltava hyvin koulutettua. Tässä samoin kuin monissa muissakin kokemus on ehkä paras ohjaaja; jopa kokeneelle teknikolle Western blot on kuitenkin aikaa vievää. Esimerkiksi kokeen geelielektroforeesi-osan suorittaminen kestää tyypillisesti yhdestä kahteen tuntiin. Muita tehtäviä voidaan tietysti suorittaa geelin ollessa käynnissä, mutta kokeilu vie vielä jonkin aikaa tulosten saavuttamiseksi.
Muut rajoitukset
Vasta-aineilla voi joskus olla jonkinlainen sitoutuminen kohteen ulkopuolella, mikä voi heikentää tuloksia. Lisäksi Western-blottauksessa käytät vasta-ainetta tiettyä proteiinia vastaan, joten tulokset kertovat sinulle vain, onko kyseistä proteiinia läsnä. Suuriresoluutioinen massaspektrometria sen sijaan paljastaa kaikki näytteessä olevat proteiinit, ja toisin kuin klassinen Western-blottaus, se on kvantitatiivinen. On tietenkin muistettava, että massaspektrometria on paljon kalliimpaa ja myös teknisesti haastavampaa käyttää verrattuna Western-blottaukseen.