Fylogeneettinen puu on graafinen esitys evoluutiosuhteista, joka osoittaa, kuinka organismit ovat voineet erota yhteisestä esi-isästä. Aikaisemmin tämä tehtiin vertaamalla elävien organismien ja fossiilien anatomiaa ja fysiologiaa, mutta nyt käytetään yleisesti DNA-nukleotidisekvensseistä otettua geneettistä tietoa. Elimiä, joilla on vain vähän yhtäläisyyksiä, voidaan löytää filogeneettisen puun erillisistä "oksista", ja ne, joilla on erityisiä yhtäläisyyksiä, sijaitsevat saman haaran "oksilla". Fylogeneettinen puu on menetelmä organismien lajien ja evoluutiomuutosten ymmärtämiseksi.
Valitse malliorganismi suhteiden vertailua varten. Tämä voidaan tehdä lajilla, rodulla tai nukleotidisekvenssillä, joka edustaa organismia. Esimerkiksi organismi voi olla lehmä. Loppuosa puusta osoittaisi, kuinka läheinen lehmä on geneettisten ominaisuuksien perusteella muissa organismeissa.
Valitse outgroup. Ulkoryhmä on vähemmän läheinen sukulaisuus tai huomattavasti erilainen nukleotidisekvenssi. Jos malliorganismi on lehmä, mahdollinen ulkoryhmä olisi kala. Mitä enemmän kaksi organismia on, sitä kauempana filogeneettisen puun alapuolella on niiden erilainen haarapiste. Aika esitetään vanhimpana päivämääränä kaavion alaosassa ja nykyinen päivä kaavion yläosassa. Haarojen sijoittelu osoittaa suunnilleen, milloin evoluutiomerkki muutti esi-isän organismin eri lajeiksi.
Määritä joukko ominaisuuksia, joita käytetään vertailuun. Esimerkkejä ovat "on neljä jalkaa", "pureskelee", "antaa elävän syntymän" tai "kasvattaa hiuksia". Nukleotidisekvenssit ovat vain aakkosjärjestyksessä DNA-ominaisuudet, jotka määrittävät ominaisuudet, joten toinen vaihtoehto olisi: "sisältää sekvenssin ATGGACACGGA. "
Jaa organismit ominaisuuksien perusteella. Kun yksi organismi ei sisällä haluttua ominaisuutta, filogeneettiseen puuhun tehdään haara. Luonteenomaisella "on neljä jalkaa" lehmät, lampaat ja peurat olisivat kaikki yhdellä oksalla, kun taas kalat olisivat erillisellä oksalla. Liitä lehmän kuva tai sarja julistetaulun yläkulmaan ja kala vastakkaiseen kulmaan ja vedä niistä kaksi viivaa paperin pohjaan leikkaavassa V-muodossa.
Jatka malliorganismien tai nukleotidisekvenssien erottamista, kunnes jokaisessa esimerkissä on yksi erillinen haara oksaksi. Ominaisuus "on villaa" erottaisi lampaat peurasta ja lehmistä yksittäiselle oksalle. Aseta lampaiden kuva lähelle kalakuvaa ja piirrä viiva, joka yhdistyy V-muodossa lehmän haaraan. Käyttämällä ominaisuutta "jolla on pörröinen häntä" erotettaisiin lehmä peurasta. Liitä peuran kuva lehmän ja lampaiden väliin ja piirrä toinen viiva V-muotoon, joka leikkaa kalojen ja lampaiden viivan yläpuolelle. Kun jokaisella lajilla on yksi haara, filogeneettinen puu on saatu päätökseen.
