Ehkä tärkein tapa, jolla homeitiöt eroavat bakteerien endosporeista, on se, että homeet luokitellaan ns. Korkeammiksi sieniksi. Sellaisina ne sisältävät sen, mitä biologit kutsuvat eukaryoottisolutyypiksi. Bakteerien endosporit puolestaan muodostuvat bakteereista, jotka luokitellaan ryhmänä prokaryoottisolutyyppiin. Prokaryoottisen solun ja eukaryoottisen solun välinen ero on biologiassa perustavanlaatuinen. Selkeimmällä tavalla bakteerisolu on rakenteellisesti paljon yksinkertaisempi.
Eukaryoottinen solu - kuten home itiöissä - on täynnä solurakenteita, joita kutsutaan organelleiksi. Organellit suorittavat kaikenlaisia solutoimintoja, ja yksi näkyvimmistä organelleista on ydin. Homeen itiöiden eukaryoottinen soluydin sisältää DNA: n, joka sallii solun toiminnan ja lisääntymisen. Tämä on toisin kuin bakteerien endosporit, joissa DNA on enemmän tai vähemmän vapaa solun sytoplasmassa.
Ytimen lisäksi eukaryoottisen homeen itiösolu sisältää sellaisia organelleja kuin endoplasminen verkkokalvo tai ER. ER on olennaisesti kuin taitettujen membraanien sokkelo, jossa suoritetaan monia solulle elintärkeitä biokemiallisia prosesseja. Mold-itiöissä ER on kytketty ydinkatteeseen, kalvoon, joka ympäröi solun ydintä. Bakteerien endosporeissa tämä järjestely puuttuu.
Bakteerien endosporeilla ei ole käytännöllisesti katsoen mitään eukaryoottisten muotti-itiöiden sisältämää solun kehittyneisyyttä. Toinen ero bakteerien endosporien ja homeen itiöiden välillä - niiden solutyyppisen eron lisäksi - on rooli, joka niillä on vastaavien organismiensa elämähistoriasta. Bakteerien endospori on resistentti rakenne, joka muodostuu bakteerin soluun. Toisin kuin homeitiöt, bakteerien endospori on erityisesti mukautettu vastustamaan haitallisia ympäristöolosuhteita. Bakteerien endosporien keskeinen piirre on dipikoliinihapoksi kutsuttu yhdiste. Tämä yhdiste, vaikkakaan ei ole yleistä homeen itiöissä, on tärkeä välittäjä bakteerien endosporien vastustuskyvystä epäsuotuisille ympäristöolosuhteille.
Bakteerien endosporien ja homeitiöiden välillä on lukuisia muita eroja. Suurimmalla osalla niistä on jälleen tekemistä eukaryoottisen ja prokaryoottisen solun välisen perustavanlaatuisen eron kanssa. Monia muita organelleja on jo kuvattujen lisäksi homeen itiössä, mutta niitä ei ole bakteerien endosporeissa. Näihin kuuluvat rakenne, jota kutsutaan Golgi-laitteeksi, ja muut, kuten ns. Nucleolus. Nukleoli on rakenne eukaryoottisolujen ytimessä ja on aktiivinen solun toiminnalle kriittisessä proteiinisynteesissä. Bakteerien endosporit suorittavat monia samoja olennaisia elintoimintoja kuin home itiöt, mutta ne tekevät niin ilman homeen itiössä esiintyvien hienostuneiden organellien etuja.
