Florida Keysin ekosysteemi koostuu erilaisista elinympäristöistä, mukaan lukien mangrovemetsät, koralliriutat ja pinelands, joissa on runsaasti ainutlaatuisia lajeja. Myös ihmiset ovat osa ekosysteemiä, ja heidän toimintansa vaikuttaa kaikkiin elinympäristöihin sekä eläimiin ja kasveihin, jotka asuvat niissä. Keys-ekosysteemi koostuu pienestä maa-alueesta, joten ihmisen toiminnan vaikutukset lisääntyvät. Vaikutuksia ovat vesien pilaantuminen, lisääntyneet invasiiviset lajit, liikakalastus, veneilyn ja kaupunkikehityksen kielteiset vaikutukset sekä maailmanlaajuinen ilmastonmuutos.
Kaakkois-Florida tai Florida Keys -nimisen alueen ihmisväestö on kasvanut yli 3,9 miljoonalla vuodesta 1970 vuoteen 2008. Appelsiinitarhat ovat väistyneet asuntokehitykselle, nauhakeskuksille, teollisuudelle ja moottoriteille. Nämä muutokset ovat aiheuttaneet luontotyyppien tuhoutumisen. Lisäksi vesien pilaantuminen on lisääntynyt, johtuen jäteveden käsittelystä, öljyn, torjunta-aineiden ja raskasmetallien sisältävästä septisen ylivuoton ja myrskyveden vuotamisesta.
Vuonna 2010 Keysissä vieraili 3,8 miljoonaa kävijää. Monet näistä vierailijoista harrastivat kalastusta. Näihin virkistystoimintaan osallistuvien matkailijoiden ja asukkaiden lisäksi kaupallinen kalastus on alueen suuri ala. Liikakalastus on ehtinyt lajeja Keys-ekosysteemissä, jättäen pienempiä kaloja ja muuttamalla monimutkaisen ruokaverkon vuorovaikutusta.
Veneily alueella on johtanut potkurien aiheuttamiin manaattien välittömiin loukkaantumisiin, mutta potkurit ovat myös arpineet suuria alueita meriheinää. Veneet juoksevat karille ja vahingoittavat koralliriuttoja, kun ankkurit raaputtavat näiden herkien muodostumien poikki. Avaimissa tapahtuu vuosittain yli 500 maadoitusta. Tämä tuhoaa elinympäristön ja vaikuttaa kielteisesti koko ravintoketjuun, mikä johtaa lajien häviämiseen edelleen.
Ihmisten liikkuessa he tuovat mukanaan lajeja muilta alueilta, jotka voivat vapautua ekosysteemiin. Nämä lajit voivat asua ja koska heillä ei ole saalistajia, niistä tulee erittäin menestyviä, kilpailevia kotoperäisiä lajeja ja muuttavat koko ekosysteemin dynamiikkaa. Florida Keysin invasiivisiin eläimiin ja kasveihin kuuluvat leijonakalat ja Guinean ruoho. Kaikkien näiden paikallisten suorien ja epäsuorien vaikutusten lisäksi ilmaston lämpenemisen ennustetaan lämmittävän vesistöjä alueella 4–10 Fahrenheit-astetta ja nostaa merenpintaa, mikä saattaa aiheuttaa muutoksia, jotka ovat liian nopeita ekosysteemin korjaus.