Lyse on sana, joka tulee kreikaksi ja tarkoittaa vain "jakaa" tai "räjähtää". Soveltuvasti termit liittyy siihen, mitä soluille tapahtuu hajotuspuskurissa, ratkaisu, joka rikkoo ne auki niiden solujen poistamiseksi sisällys. Tutkijat käyttävät hajotuspuskureita uutettaessa DNA: ta tai proteiineja soluista analysointia varten, erityisesti bakteerien tapauksessa. Solulyysipuskurin tyyppi vaihtelee kokeen tyypistä riippuen, vaikka seuraavat ovat joitain yleisiä valintoja.
TL; DR (liian pitkä; Ei lukenut)
Lyysipuskurit auttavat rikkomaan avoimia soluja, joten niiden sisältöön pääsee käsiksi tai ne voidaan poistaa. Joitakin esimerkkejä ovat suolat, detergentit, kelaatinmuodostajat ja estäjät sekä jotkut emäksiset kemikaalit.
Puskuri ja suola
Puskurit stabiloivat pH: n samalla, kun solut hajoavat. Tris-HCL on yksi yleisimmistä kemikaaleista puskuroinnissa pH-arvossa 8. HEPES on toinen yleinen puskurikemikaali näissä kokeissa. Natriumkloridisuola voi myös nostaa ionivahvuutta, soluiden kokonaispitoisuutta solujen ulkopuolella. Tällä viimeisellä kohdalla on jonkin verran merkitystä, koska vesi voi diffundoitua solukalvojen läpi alueista, joilla on matala liuenneen aineen pitoisuus alueilla, joilla on suuri liuenneen aineen pitoisuus.
Pesuaineiden liukeneminen
Pesuaineet liuottavat solukalvot, jotta solun sisältö pääsee poistumaan. Molekyylirakenne, jolla on amfipaattinen, (toisin sanoen molekyylit, joiden toinen pää on vuorovaikutuksessa helposti vesimolekyylien kanssa, kun taas toinen hydrofobinen tai "vettä pelkäävä" pää ei). Ne voivat liuottaa rasvat muodostamalla misellejä, pieniä klustereita, joissa pesuaineiden molekyylien hydrofobiset pyrstöt osoittavat sisäänpäin kohti rasvamolekyylejä. Yleisiä pesuaineita ovat natriumdodekyylisulfaatti tai SDS, NP-40 ja tritonX.
Kelatointiaineet ja estäjät
Lyysipuskurit sisältävät tyypillisesti myös kelatoivia aineita, kuten etyleenidiamiinitetraetikkahappo (EDTA) tai etyleeniglykolitetraetikkahappo (EGTA). Nämä kemikaalit sitoutuvat metalli-ioneihin kahdella positiivisella varauksella (esim. Magnesium ja kalsium), jolloin ne eivät ole käytettävissä muissa reaktioissa. Monet DNA-organismit (proteiinit, jotka pureskelevat DNA: ta) ja proteaasit (proteiinit, jotka viipaloivat muita proteiineja) tarvitsevat magnesiumioneja EDTA ja EGTA auttavat vähentämään proteaasin tai DNAse: n määrää vähentämällä heiltä tämän avainkomponentin toiminta. Ne eivät kuitenkaan sulje sitä kokonaan pois, ja jotkut proteaasit eivät ole riippuvaisia magnesiumkofaktoreista, joten hajoamispuskurit joskus sisältää myös proteaasien estäjiksi kutsuttuja kemikaaleja, jotka sitoutuvat proteaaseihin ja estävät niiden toimintaa asianmukaisesti.
Alkalinen hajoaminen
Alkalinen hajotus, erittäin yleinen tekniikka plasmidien puhdistamiseksi bakteereista, sisältää kolme liuosta. Ensimmäinen sisältää glukoosia, tris-HCL-puskuria, EDTA: ta ja RNAseja. Glukoosi luo suuren liuenneen aineen pitoisuuden bakteerien ulkopuolella, joten niistä tulee hieman vetisiä, mikä tekee niistä helpompaa hajottaa. EDTA ja tris-HCL toimivat kuten on jo kuvattu, kun taas RNAse pureskelee mitä tahansa RNA: ta solun sisällä saadakseen sen pois tieltä. Toinen ratkaisu hajottaa solut. Tämä sisältää SDS-pesuainetta ja NaOH: ta, joka nostaa pH-arvon arvoon 12 tai yli, denaturoimalla proteiineja solun sisällä ja saamaan DNA: n erottumaan yksittäisiksi säikeiksi. Kolmas liuos sisältää kaliumasetaattia pH: n palauttamiseksi neutraalimmalle tasolle, jotta plasmidi-DNA-juosteet voivat palata yhteen. Sillä välin denaturoidut proteiinit kasautuvat ja saostuvat, kun taas dodekyylisulfaatti-ionit tulevat yhdessä kaliumionien kanssa muodostaen liukenemattoman yhdisteen, joka myös saostuu liuoksesta.