Luonnollinen kosteikko on monimutkainen ekosysteemi. Kuten muutkin ekosysteemit, olivatpa ne maa- tai vesipohjaisia, monet tekijät vaikuttavat kosteikkojen muotoon ja toimintaan. Sekä bioottiset että abioottiset tekijät ja prosessit ovat olennainen osa kosteikkojen luonnollista ekosysteemiä. Termi "bioottinen" viittaa eläviin olentoihin. Termi "abioottinen" viittaa elottomiin materiaaleihin, prosesseihin tai tekijöihin.
Vesi
Vesi itsessään on kenties pohjimmainen abioottinen tekijä luonnollisilla kosteikoilla. Vaikka vesi on välttämätöntä käytännöllisesti katsoen kaikissa biologisissa prosesseissa, vesi itsessään on eloton ja sitä voi esiintyä riippumatta elävistä olennoista. Luonnollisilla kosteikoilla vesi on väliaine, jossa koko ekosysteemi on olemassa ja toimii. Kosteikot alueilla, jotka ovat jäätyneet aiemmin - massiivisten jääpeitteiden muodossa - saattavat jo varhaisen alkunsa johtua jäätikön voimakkaista veistovaikutuksista. Joten jopa vesi siinä dramaattisesti erilaisessa muodossa oli merkittävä tekijä kosteikkojen kehityksessä.
Ilmaa
Toisin kuin vesi, ilma koostuu useammasta kuin yhdestä kemiallisesta yhdisteestä. Happi, typpi, hiilidioksidi ja monet muut kaasumaiset aineet muodostavat ilman kemiallisen koostumuksen. Ilma, erityisesti sen sisältämä happi, on toinen kriittinen abioottinen tekijä luonnollisilla kosteikoilla. Lähes missä tahansa kosteikkojen ekosysteemissä on monenlaisia kasveja ja eläimiä. Vihreät kasvit käyttävät ilman hiilidioksidia; ne puolestaan vapauttavat happea jätteenä. Eläimet tekevät käänteisen; ne ottavat sisään happea ja käyttävät sitä ja päästävät hiilidioksidia jätteeksi. Vaikka on olemassa organismeja, jotka voivat ja voivat elää ja kasvaa ilman happea, suurin osa luonnollisen kosteikon elämän muodot - sekä veden alla että sen pinnan yläpuolella - vaativat happea ilmaa.
Auringonvalo
Auringon valo on välttämätön abioottinen tekijä luonnollisilla kosteikoilla. Auringonvalo tarjoaa energian, jota kasvit tarvitsevat fotosynteesin suorittamiseksi. Sama energia välittyy kosteikon muille organismeille ravintoketjun tai ruokaverkon kautta. Lämpötila on tietysti abioottinen tekijä, joka liittyy suoraan kosteikkojen auringolta saaman energian määrään.
Mineraalit
Veden alla, luonnollisen kosteikon pohjassa, on erilaisia sedimenttimateriaaleja. Suuri osa tästä materiaalista on orgaanista tai bioottista ja syntyy kosteikon elävien organismien hajoavista jäännöksistä. Mutta tässä sedimenttimateriaalissa on myös mineraalikomponentti. Erilaiset ja kokoiset mineraalihiukkaset sekoittuvat orgaanisen materiaalin kanssa. Aivan kuten maan ekosysteemeissä, luonnollisen kosteikon kasvien on hankittava abioottisia mineraaliravinteita elääkseen ja kasvaakseen. Mineraalit eivät rajoitu pohjasedimentteihin; ne voidaan liuottaa suoraan veteen, missä ne muodostavat monimutkaisen luonnollisen kemiallisen seoksen, jolla on vaikutusta esimerkiksi pH-arvoon, joka on veden happamuuden mitta.
Kalliot
Mineraalisten sedimenttien suhteellisen pienten hiukkasten lisäksi kosteikoissa on usein suurempia, erikokoisia ja -tyyppisiä kiviä. Olipa massiivinen, jatkuva kallioperä kosteikon alla ja muodostaa sen perustan, tai suhteellisen pienempi veden alla olevat tai pinnan yläpuolelle ulottuvat kivet ovat monissa merkittävä abioottinen tekijä kosteikkoja. Sen lisäksi, että kasveille ja eläimille tarjotaan substraatteja, jotka voivat joko kasvaa tai ahvenella, on kiviä läpi luonnolliset sään prosessit - hajoavat vähitellen ja toimittavat kosteikkoon mineraalisia ravintoaineita ekosysteemi.